Um zu verhindern, dass die Subserie 2 auf die Subserie 1 gesetzt wird, kann man jede in eine eigene `axis` Umgebungen setzen. Mit der Option `bar shift` kann man die erste Subserie etwas nach links und die zweite etwas nach rechts verschieben, so dass beide Subserien nebeneinandar dargestellt werden. Damit die beiden `axis`-Umgebungen die gleichen Einteilungen an den Koordinatenachsen verwenden, gibt man diese einheitlich für beide vor.
\documentclass[margin=5mm]{standalone}
\usepackage{pgfplots}
\pgfplotsset{compat=1.9}
\begin{filecontents}{serieA.dat}
#subserie x y
1 10 90
2 20 80
\end{filecontents}
\begin{filecontents}{serieB.dat}
#subserie x y
1 70 30
2 25 75
\end{filecontents}
\colorlet{xcolor}{red}
\colorlet{ycolor}{blue}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\pgfplotsset{ybar stacked,ymin=0,ymax=100,xmin=0.5,xmax=2.5,xtick=data}
\begin{axis}[bar shift=-8pt]
\addplot [fill=xcolor] table [x index=0,y index=1] {serieA.dat};
\addplot [fill=ycolor] table [x index=0,y index=2] {serieA.dat};
\end{axis}
\begin{axis}[bar shift=8pt]
\addplot [fill=xcolor] table [x index=0,y index=1] {serieB.dat};
\addplot [fill=ycolor] table [x index=0,y index=2] {serieB.dat};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}
![alt text][1]
Außerdem ist es vielleicht sinnvoll für die beiden Subserien verschiedene Farben zu definieren und Legenden einzufügen. Wenn man für die Legende der ersten Subserie die Option `name` nutzt, dann kann die Legende der zweiten einfach an dieser ausgerichtet werden.
\documentclass[margin=5mm]{standalone}
\usepackage{pgfplots}
\pgfplotsset{compat=1.9}
\usetikzlibrary{fit}
\begin{filecontents}{serieA.dat}
#subserie x y
1 10 90
2 20 80
\end{filecontents}
\begin{filecontents}{serieB.dat}
#subserie x y
1 70 30
2 25 75
\end{filecontents}
\colorlet{xcolorA}{red}\colorlet{xcolorB}{orange}
\colorlet{ycolorA}{blue}\colorlet{ycolorB}{blue!50!red}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\pgfplotsset{ybar stacked,ymin=0,ymax=100,xmin=0.5,xmax=2.5,xtick=data}
\begin{axis}[bar shift=-8pt,
legend pos=outer north east,legend style={name=serieA}]
\addplot [fill=xcolorA] table [x index=0,y index=1] {serieA.dat};
\addplot [fill=ycolorA] table [x index=0,y index=2] {serieA.dat};
\legend{x (Serie A),y (Serie A)}
\end{axis}
\begin{axis}[bar shift=8pt,
legend style={at={([yshift=-1mm]serieA.south west)},anchor=north west}]
\addplot [fill=xcolorB] table [x index=0,y index=1] {serieB.dat};
\addplot [fill=ycolorB] table [x index=0,y index=2] {serieB.dat};
\legend{x (Serie B),y (Serie B)}
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}
![alt text][2]
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/zweierdiagramm.PNGhttp://texwelt.de/wissen/upfiles/zweierdiagramm.PNG
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/zweierdiagrammlegende.png
