Chemfig erlaubt es einem, relativ leicht den Nodes Namen zu geben mit der `@{<name>}` syntax.
\documentclass{standalone}
\documentclass[border=3.14mm]{standalone}
\usepackage{chemfig}
\begin{document}
\chemfig{@{F1}F-Xe(-[:90]@{F2}F)(-[:-90]@{F3}F)-@{F4}F}
\tikz[overlay,remember picture]{%
\draw[densely dotted](F1)--(F2)--(F4)--(F3)--(F1);}
\chemfig{@{f1}F*4(-@{f2}F-@{f3}F-@{f4}F-)}
\tikz[overlay,remember picture]{%
\node at (barycentric cs:f1=1,f2=1,f3=1,f4=1) (Xe) {Xe};
\foreach \X in {1,...,4}
{\draw(f\X)--(Xe);}
}
\end{document}
[![alt text][1]][1]
Ich habe im ersten Molekül die Linien hier gepunktelt gezeichnet, um sie von Bindungen zu unterscheiden, aber Du kannst `densely dotted` auch weglassen, wenn Du denkst, das ist besser.
[1]: https://texwelt.de/wissen/upfiles/Screen_Shot_2018-09-24_at_9.01.45_AM.pnghttps://texwelt.de/wissen/upfiles/Screen_Shot_2018-09-24_at_9.11.07_AM.png
