Ich würde grundsätzlich von der Verwendung solcher Tools zur Erstellung von Tabellen abraten. Der ausgegebene Code ist fast immer suboptimal.
Die empfohlene Position von `\label` ist in LaTeX2e innerhalb des `\caption` Arguments (aufpassen, dass man keine zusätzlichen Leerzeichen hierdurch erzeugt).
Wenn du eine senkrechte Linie zwischen allen Zellen einer Spalte und der nächsten Spalte möchtest, so kannst du diese Linie in der Preambel der Tabelle definieren: `\begin{tabular}{c|c}` wären zwei zentrierte Spalten mit einer vertikalen Linie dazwischen.
Allerdings würde ich von der Verwendung vertikaler Linien abraten. Diese vertragen sich nicht mit den horizontalen Linien von `booktabs` (`\toprule`, `\midrule`, `\cmidrule` und `\bottomrule`) -- ersichtlich an den Zwischenräumen in deinem Bild. Außerdem sehen Tabellen ohne vertikale Linien besser aus.
Schließlich der Grund warum deine Spalten nicht zentriert wirken: Wenn du mehrere Spalten einer Zeile mit `\multicolumn` zusammenfässt, zusammenfasst, so behalten die ersten Spalten ihre natürliche Breite, die von den anderen Zeilen dieser Spalte vorgegeben wird, allerdings wird die überschüssige Breite (also die Breite, die der Inhalt von `\multicolumn` über die natürliche Breite der zusammengeführten Spalten hinaus hat) vollständig der letzten Spalte zugerechnet. Deine Spalten sind also durchaus zentriert, die letzte der Vier ist allerdings wesentlich breiter als die anderen.
Die Lösung ist also eine Umstrukturierung deines Tabellenkopfes. Das Folgende setzt den Kopf in zwei Zeilen (unter Verwendung des `makecell` Pakets), außerdem verwendet es `\clap` (aus dem `mathtools` Paket), das die Breite seines Arguments auf 0 reduziert und den Inhalt auf beiden Seiten gleichermaßen hervor stechen lässt. Die Verwendung von `\clap` sollte mit Vorsicht erfolgen. In diesem Beispiel sieht das Resultat mMn. gut aus.
Code:
\documentclass[]{article}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{multirow}
\usepackage{makecell}
\usepackage{mathtools}
% besserer Abstand bei Tabellenüberschriften und Standardklassen:
\usepackage{caption}
\begin{document}
\begin{table}[]
\centering
\caption
{%
Tabelle X: V3: Ergebnisse der Leukozytenzählung mit Hilfe einer
Neubauer-Zählkammer (Verdünnung 1:10)\label{my-label}%
}
\begin{tabular}{cccccc}
\toprule
& \multicolumn{4}{c}{\clap{\makecell{Leukozyten-\\anzahl pro GQ}}}
& Summe \\
\midrule
1. Eckquadrat & 2 & 2 & 3 & 3 & 10 \\
& 3 & 1 & 4 & 3 & 11 \\
& 6 & 4 & 7 & 2 & 19 \\
& 1 & 2 & 1 & 2 & 6 \\
\cmidrule(lr){6-6}
& & & & & 46 \\
\midrule
2. Eckquadrat & 3 & 7 & 3 & 2 & 15 \\
& 2 & 5 & 4 & 6 & 17 \\
& 5 & 3 & 3 & 3 & 14 \\
& 4 & 7 & 2 & 2 & 15 \\
\cmidrule(lr){6-6}
& & & & & 61 \\
\midrule
3. Eckquadrat & 5 & 3 & 4 & 2 & 14 \\
& 4 & 2 & 3 & 2 & 11 \\
& 5 & 2 & 1 & 4 & 12 \\
& 7 & 6 & 6 & 5 & 24 \\
\cmidrule(lr){6-6}
& & & & & 61 \\
\midrule
4. Eckquadrat & 4 & 3 & 5 & 3 & 15 \\
& 1 & 3 & 6 & 5 & 15 \\
& 2 & 4 & 5 & 4 & 15 \\
& 3 & 4 & 4 & 6 & 17 \\
\cmidrule(lr){6-6}
& & & & & 62 \\
\bottomrule
\end{tabular}
\end{table}
\end{document}
Resultat:
[![alt text][1]][1]
[1]: https://texwelt.de/wissen/upfiles/table-centre-1.png