Davon abgesehen, dass ich mit deinem Codeschnipsel das Problem selbst leider nicht nachvollziehen kann, sei ein etwas anderes Vorgehen vorgeschlagen:
Das Paket [`subfiles`](https://ctan.org/pkg/subfiles) bietet die Möglichkeit, Unterdokumente zu einem Hauptdokument zu erstellen, die selbst ebenfalls als eigenständige Dokumente verarbeitet werden können, solange das Hauptdokument verfügbar ist. Dabei wird nämlich die Dokumentpräambel des Hauptdokuments automatisch auch von den Unterdokumenten mit verarbeitet. Damit das ganze funktioniert, wird im Hauptdokument lediglich das Paket `subfiles` per `\usepackage{subfiles}` geladen. Im Hauptdokument wird das Unterdokument per Anweisung `\subfile` geladen. Das Unterdokument verwendet als Klasse `subfiles`. Als Option wird bei `\documentclass[…]{subfiles}` der Name des Hauptdokuments angegeben. Wird das Unterdokument alleine verarbeitet, so liest die Klasse `subfiles` die Dokumentpräambel des Hauptdokuments einschließlich der dortigen Klasse. Wird es dagegen per `\subfile` im Hauptdokument geladen, so wird alles bis zum `\begin{document}` des Unterdokuments, also die gesamte Dokumentpräambel des Unterdokuments ignoriert.
Beispiel (abgeleitet von deinem leider unvollständigen und trotzdem sehr großen Codeschnipsel): Wir erstellen zunächst das Hauptdokument mit dem Dateinamen `test-subfiles.tex`:
\documentclass[DIV=12]{scrartcl}
\usepackage{subfiles}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{positioning,calc,shapes,arrows,shapes.multipart}
% Define block styles
\tikzset{
pap/.style={
draw,
minimum height=7mm,
font=\ttfamily\footnotesize,
align=flush center,
on grid
},
papDecision/.style = {
diamond,
draw,
text width = 20 mm,
align = center,
text badly centered,
inner sep = 1 pt,
font=\ttfamily\footnotesize,
%line width = 1,
minimum width = 30mm,
minimum height = 7mm,
},
papStart/.style = {
rectangle,
draw,
align = center,
text width = 3cm,
text badly centered,
inner sep = 4 pt,
rounded corners=10pt,
font=\ttfamily\footnotesize,
%line width = 1,
minimum width = 30mm,
minimum height = 7mm,
},
papEnd/.style = {
rectangle,
draw,
align = center,
text width = 3cm,
text badly centered,
inner sep = 4 pt,
rounded corners=10pt,
font=\ttfamily\footnotesize,
%line width = 1,
minimum width = 30mm,
minimum height = 7mm,
},
papData/.style = {
trapezium,
draw,
align = center,
text width = 20 mm,
text badly centered,
inner sep = 4 pt,
trapezium left angle=70,
trapezium right angle=110,
font=\ttfamily\footnotesize,
%line width = 1,
minimum width = 30mm,
minimum height = 7mm,
},
papPredProc/.style = {
draw,
rectangle split,
rectangle split horizontal,
rectangle split parts = 3,
rectangle split empty part width=-8pt,
align = center,
% text width = 4.5 em,
text badly centered,
% inner sep = 4 pt,
font=\ttfamily\footnotesize,
%line width = 1,
minimum width = 30mm,
minimum height = 7mm,
},
papProcess/.style = {
rectangle,
draw,
align = center,
text width = 3cm,
text badly centered,
%inner sep = 2 pt,
font=\ttfamily\footnotesize,
%line width = 1,
minimum width = 30mm,
minimum height = 7mm,
},
papLine/.style = {
draw,
-stealth,
font=\ttfamily\footnotesize,
%line width = 1,
},
}
\newcommand{\papYes}{ja}
\newcommand{\papNo}{nein}
\begin{document}
\begin{figure}
\centering
\subfile{test-subfiles-sub.tex}
\caption{Die Abbildung zum ersten Mal}
\end{figure}
\begin{figure}
\centering
\subfile{test-subfiles-sub.tex}
\caption{Die Abbildung zum zweiten Mal}
\end{figure}
\end{document}
Wie zu sehen ist, habe ich das Laden von TikZ, dessen Bibliotheken, dessen Einstellungen, sowie alle Definitionen in die Dokumentpräambel dieses Hauptdokuments gesteckt. (Der unschöne Wert für Option `DIV` war leider notwendig, um die Abbildungen auf eine Seite zu bekommen. Normalerweise würde ich diesen Wert nicht empfehlen.)
Als nächstes folgt das Unterdokument `test-subfiles-sub.tex`:
\documentclass[test-subfiles.tex]{subfiles}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}[node distance = 2cm, auto]
% Place nodes
\node [papStart] (Start1){Start};
\node [papProcess, below of = Start1,yshift= 2mm] (pro4){funktion6};
\node [papDecision, below of = pro4, yshift= -20mm] (dec2){test};
\node [papPredProc, right of = dec2,xshift=25mm] (predproc2){\nodepart{two}\shortstack{funktion5}};
\node [papPredProc, below of = dec2,yshift= -10mm] (predproc3){\nodepart{two}\shortstack{funktion4}};
\node [papDecision, below of = predproc3, yshift= -20mm](dec3){Anzahl m?};
\node [papPredProc, below of = dec3, xshift=-25mm, yshift= -20mm](predproc4){\nodepart{two}\shortstack{funktion1}};
\node [papPredProc, below of = dec3, yshift= -20mm](predproc5){\nodepart{two}\shortstack{funktion2}};
\node [papPredProc, below of = dec3, xshift=26mm, yshift= -20mm](predproc6){\nodepart{two}\shortstack{funktion3}};
\node [papEnd, below of = predproc5, yshift= -20mm] (End) {Ende};
% Draw edges
\path [papLine] (Start1) -- (pro4);
\path [papLine] (pro4) -- (dec2);
\path [papLine] (dec2) -- node [above] {\papYes} (predproc2);
\path [papLine] (dec2) -- node [right] {\papNo} (predproc3);
\path [papLine] (predproc3) -- (dec3);
\path [papLine] (dec3) -- node [right] {m = 1} (predproc4);
\path [papLine] (dec3) -- node [right] {m = 2} (predproc5);
\path [papLine] (dec3) -- node [right] {m < 2} (predproc6);
\path [papLine] (predproc4) -- (End);
\path [papLine] (predproc5) -- (End);
\path [papLine] (predproc6) -- (End);
\end{tikzpicture}
\end{document}
Führe ich nun für das Unterdokument `test-subfiles-sub.tex` einen LaTeX-Lauf durch, so erhalte ich:
[![`test-subfiles-sub.pdf`][1]][2]
Führe ich hingegen für das Hauptdokument `test-subfiles.tex` einen LaTeX-Lauf durch, so erhalte ich ein Dokument mit zwei Seiten:
[![`test-subfiles.pdf`][3]][3]
Fehlermeldungen treten in beiden Fällen nicht auf. Trotzdem sei darauf hingewiesen, dass das Paket `subfiles` auch Grenzen hat. So funktionierten frühere Versionen davon nicht gut mit `beamer`. Dafür hat das Paket den Vorteil, dass die Einstellungen des Hauptdokuments beispielsweise bezüglich der Schriftwahl und der Größe des Satzspiegels oder auch bezüglich definierter Farben automatisch übernommen werden, so dass hier Übertragungsfehler unwahrscheinlich sind.
Als alternatives Vorgehen wäre außerdem denkbar, dass man die Abbildungen generell mit Hilfe von [`standalone`](https://ctan.org/pkg/standalone) als externes Dokument erzeugt. Dann besteht die Möglichkeit im Hauptdokument gar nicht mehr den TikZ-Code der jeweiligen Abbildung zu laden, sondern mit `\includegraphics` `\includestandalone` das PDF der externen Abbildung. Dabei muss man dann jedoch selbst Sorge dafür tragen, einheitliche Einstellungen bezüglich Fonts etc. aus dem Hauptdokument in die Abbildungen zu übernehmen. Dazu kann man solche Einstellungen beispielsweise in einer eigene Datei auslagern, die man dann sowohl in der Dokumentpräambel des Hautdokuments lädt als auch in der Dokumentpräambel der Bilddokumente. Hier besteht natürlich immer die Gefahr, dass man eine wichtige Einstellung vergisst. Außerdem muss man einen Build-Prozess etablieren, der zunächst dafür sorgt, dass alle Bilder erzeugt werden, bevor diese im Hauptdokument geladen werden. Das ist über externe Programme, aber notfalls [Aktiviert man `-shell-escape`](https://texwelt.de/wissen/fragen/10341), geschieht das auch über [`\ShellEscape`](https://ctan.org/pkg/shellesc) durchaus möglich. automatisch, wenn man Option `mode` entsprechend setzt (siehe dazu die Anleitung zu [Paket `standalone`](https://ctan.org/pkg/standalone). Dafür kann man auf diesem Weg sogar Abbildungen in das Hauptdokument einbinden, die mit unverträglichen Paketen erstellt wurden.
Wie gesagt: Ich kann das angedeutete Problem mit deinem Code nicht nachvollziehen. Daher sei auch für den Fall, dass diese Antwort das Problem löst, darum gebeten, die Frage trotzdem für andere Hilfesuchende nachvollziehbar zu machen.
[1]: https://texwelt.de/wissen/upfiles/test_20190210_142301.png
[2]: https://texwelt.de/wissen/upfiles/test_20190210_142301.png
[3]: https://texwelt.de/wissen/upfiles/test_20190210_142547.png