Da hier mal wieder zwei Fragen zu einer verwoben sind, beschränke ich mich auf das im Titel genannte Problem des Stichwortverrzeichnisses. Stichwortverzeichnisses. Will man hierfür nicht [MakeIndex](https://ctan.org/pkg/makeindex), sondern [xindy](https://ctan.org/pkg/xindy) verwenden, so geht das mit [`imakeidx`](https://ctan.org/pkg/imakeidx) unter Verwendung einer aktuellen LaTeX-Distribution recht einfach. Nimmt man beispielsweise:
    % Datei `test-imakeidx.tex`
    \documentclass[a4paper]{article}
    
    \usepackage[ngerman]{babel}
    \usepackage[xindy]{imakeidx}
    \makeindex[options=--codepage utf8]
    
    \begin{document}
    Lieschen Maller\index{Maller}, Luise Muller\index{Muller}, Lehnchen
    Müller\index{Müller}, Lena Moller\index{Moller}, Lara Mueller\index{Mueller}. 
    
    \printindex
    \end{document}
so erhält man nach dem Aufruf: `lualatex --shell-escape test-imakeidx.tex`
[![Ergebnis][1]][2]
Genau das gleiche Ergebnis erhält man übrigens, wenn man statt `xindy` doch das angeblich so veraltete MakeIndex verwendet und dabei noch nicht einmal Option `-g` verwendet, also mit:
    % Datei `test-imakeidx2.tex`
    \documentclass[a4paper]{article}
    
    \begin{filecontents*}{\jobname.ist}
    headings_flag    1
    heading_prefix   "\\textbf{"
    heading_suffix   "}\n"
    \end{filecontents*}
    
    \usepackage[ngerman]{babel}
    \usepackage{imakeidx}
    \makeindex[options=-s \jobname.ist]
    
    \begin{document}
    Lieschen Maller\index{Maller}, Luise Muller\index{Muller}, Lehnchen
    Müller\index{Müller}, Lena Moller\index{Moller}, Lara Mueller\index{Mueller}.
    
    \printindex
    \end{document}
und `lualatex test-imakeidx2.tex` (Option `--shell-escape` benötigt man hier normalerweise nicht, weil `makeindex` zu den sicheren Programmen zählt). Verwendet man allerdings `pdflatex` statt `lualatex`, dann erhält man in der Tat eine andere Sortierung. Das ist also eher ein Grund, `pdflatex` durch `lualatex` zu ersetzen als `makeindex` durch `xindy`.
Wohingegen mit `\makeindex[options=--codepage utf8 -g]` das Ergebnis
[![Ergebnis mit Option -g][3]][3]
wäre.
Man kann auch `texindy` explizit zusätzlich mit Option `--language german-duden` oder `--language german-din` verwenden, indem man `imakeidx` mit Option `texindy` statt `xindy` lädt und bei `\makeindex` die Option zusätzlich mit angibt. Näheres zu den Optionen oder wie man bei `xindy` andere Sortierungen erreichen kann, ist dessen Anleitung zu entnehmen (unbedingt lesen!).
  [1]: https://texwelt.de/wissen/upfiles/test_20190219_154017.png
  [2]: https://texwelt.de/wissen/upfiles/test_20190219_154017.png
  [3]: https://texwelt.de/wissen/upfiles/test_20190219_160619.png