Das Problem wird durch die Verwendung veralteter Optionen wie `pointlessnumbers` verursacht. Da KOMA-Script bei Verwendung dieser Optionen davon ausgeht, dass ein altes Dokument, das noch mit KOMA-Script 2 erstellt wurde, verarbeitet wird, schaltet es auf maximale Kompatibilität mit KOMA-Script 2.9u um. Bei dieser Version war noch die Verwendung des aktuellen Seitenstils für sogenannte Vakatseiten voreingestellt. Nimmt man die Warnungen von KOMA-Script über die Verwendung von veralteten Optionen ernst, dann werden alle veralteten Voreinstellungen durch aktuelle Voreinstellungen Voreinstellungen, wie sie auch in der Anleitung genannt sind, geändert. Dazu gehört auch, dass Vakatseiten mit dem Seitenstil `empty` gesetzt werden. Es genügt also:
\documentclass[a4paper,12pt,
headsepline,
numbers=noenddot,% Option entsprechend der Warnung ersetzt.
]{scrbook}
\begin{document}
\chapter{Kapitel Nr. 1} blablablab
\chapter{Kapitel Nr. 2}
\end{document}
Nebenbei bekommt man diverse weitere Verbesserungen beispielsweise einen verbesserten Umbruch in Verzeichnissen, diverse Verbesserungen bei Verwendung von Absatzabstand, Gliederungsbefehlen, Verwendung von Gleitumgebungen oder Gleichungen in Vorder- oder Hinterteil, bei Fußnoten und einigem mehr.
