Hier ist ein weiterer Vorschlag, bei dem alle Kapitel, die einen Eintrag ins Inhaltsverzeichnis erhalten, auch eine Randmarkierung bekommen. Der eventuell benötigte Eintrag ins Verzeichnis der Thumbs entspricht dann dem Eintrag ins Inhaltsverzeichnis.
\documentclass[ngerman, fontsize=9pt, paper=a5]{scrreprt}
\usepackage{babel}
\usepackage{lipsum}
\usepackage{thumbs}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{xpatch}
\xapptocmd{\addchaptertocentry}
{\addthumb{#2}{\space\Large\sffamily\bfseries #1}{white}{black}}
{}{\PatchFailed}
\AddtoDoHook{heading/branch/star/chapter}{\stopthumb}
\begin{document}
\pagenumbering{arabic}
\tableofcontents
\chapter[short]{Chapter 1\label{short}}
\section{Very important section}
\lipsum[1] \ref{short},\ref{Chapter 2}
\chapter{Chapter 2\label{Chapter 2}}
\lipsum[1-2]
\addchap{Beispiel für addchap}
\end{document}
Mit dem Code wird für nicht nummerierte Kapitel auch keine Nummer in der Randmarkierung ausgegeben. Ändern ließe sich das, in dem man mit `\ifstr{#1}{}{...}{...}` `\Ifstr{#1}{}{...}{...}` eine Fallunterscheidung für die Ausgabe der Randmarkierungen einfügt.
Eine andere Frage ist, was passieren soll, wenn nach dem Beginn der Randmarkierungen noch Kapitel ohne Eintrag ins Inhaltsverzeichnis folgen. Dann wird in diesen Kapiteln die Markierung des vorherigen Kapitels weiter verwendet. Sie kann aber auch mit `\stopthumb` unterbrochen werden. Dabei muss man Sorge dafür tragen, dass das (erst) auf der richtigen Seite wirksam wird:
\documentclass[ngerman, fontsize=9pt, paper=a5]{scrreprt}
\usepackage{babel}
\usepackage{lipsum}
\usepackage{thumbs}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{xpatch}
\xapptocmd{\addchaptertocentry}
{\addthumb{#2}{\space\Large\sffamily\bfseries #1}{white}{black}}
{}{\PatchFailed}
\begin{document}
\pagenumbering{arabic}
\tableofcontents
\chapter[short]{Chapter 1\label{short}}
\section{Very important section}
\lipsum[1] \ref{short},\ref{Chapter 2}
\chapter{Chapter 2\label{Chapter 2}}
\lipsum[1-2]
\addchap{Beispiel für addchap}
\lipsum[3]
\clearpage
\stopthumb
\addchap*{Beispiel für addchap* ohne Randmarkierung}
\lipsum[4]
\chapter{Chapter 3}
\lipsum[5-6]
\end{document}
Mit der [aktuellen Prerelease von KOMA-Script][1] lässt sich das auch mit dem Hook
\AddtoDoHook{heading/branch/star/chapter}{\stopthumb}
automatisieren.
\documentclass[ngerman, fontsize=9pt, paper=a5]{scrreprt}[2019/03/05]
\usepackage{babel}
\usepackage{lipsum}
\usepackage{thumbs}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{xpatch}
\xapptocmd{\addchaptertocentry}
{\addthumb{#2}{\space\Large\sffamily\bfseries #1}{white}{black}}
{}{\PatchFailed}
\AddtoDoHook{heading/branch/star/chapter}{\stopthumb}
\begin{document}
\pagenumbering{arabic}
\tableofcontents
\chapter[short]{Chapter 1\label{short}}
\section{Very important section}
\lipsum[1] \ref{short},\ref{Chapter 2}
\chapter{Chapter 2\label{Chapter 2}}
\lipsum[1-2]
\addchap{Beispiel für addchap}
\lipsum[3]
\addchap*{Beispiel für addchap* ohne Randmarkierung}
\lipsum[4]
\addchap*{Beispiel für chapter* ohne Randmarkierung}
\lipsum[4]
\chapter{Chapter 3}
\lipsum[5-6]
\KOMAScriptVersion
\end{document}
Ergebnis:
[![alt text][2]][2]
[1]: https://komascript.de/current
[2]: https://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_thumbs.png