Disclaimer: Ich halte es nicht für sinnvoll, die Markierungen im Rand, die ja schon Auszeichnungen sind, nochmal in der Kopfzeile anzugeben. Hier ist trotzdem ein Versuch in der gewünschten Richtung.
\documentclass[paper=a5]{scrreprt}
%\providecommand*\Ifstr{\ifstr}% nötig bis einschließlich KOMA-Script version 3.27, see https://komascript.de/faq_deprecatedif
\usepackage{marginnote}
\usepackage{multicol}
% Paragraph numbers
\newcounter{parnumber}
\newcommand\parnum[1][\theparnumber]{%
\leavevmode%
\refstepcounter{parnumber}%
\markright{\theparnumber}%
\marginnote{{\normalfont\normalsize\normalcolor\theparnumber\label{pn:#1}}}%
}
% Parnums in head
\newcommand\parnumrange{%
\ifstr{\rightfirstmark}{\rightbotmark}% \Ifstr{\rightfirstmark}{\rightbotmark}% erste = letzte?
{\rightbotmark}% ja ---> nur letzte
{\rightfirstmark--\rightbotmark}% nein --> erste bis letzte
}
\renewcommand*\markboth[2]{\markleft{#1}}
\usepackage[automark]{scrlayer-scrpage}
\clearpairofpagestyles
\ohead{\leftbotmark}
\ofoot*{\pagemark}
\DeclareNewLayer[
background,
oddpage,
head,
addhoffset=\textwidth+\marginparsep,
contents=\parnumrange
]{parnum.odd}
\DeclareNewLayer[
background,
evenpage,
head,
addhoffset=-\textwidth-\marginparsep,
contents=\hfill\parnumrange
]{parnum.even}
\AddLayersToPageStyle{scrheadings}{parnum.odd,parnum.even}
\usepackage{mwe} % Blindtext
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{Ein Kapitel}
\Blindtext[3]
\begin{multicols}{2}[\minisec{parnum wird nicht gezählt}]
\parnum\blindtext
\end{multicols}
{\Huge\parnum[SdP] Satz des Pythagoras.\par}
\Blindtext[2]
\parnum
\Blindtext[3]
\chapter{Weiteres Kapitel}
\Blindtext[6]
\parnum\blindtext
\end{document}
Es gibt mindestens die folgenden Einschränkungen:
Da `\rightmark` für `parnumber` genutzt wird, kann es nicht mehr für andere Kolumnentitel verwendet werden. Auf Kapitelanfangsseiten muss auf die Anzeige der Randnummern in der Kopfzeile verzichtet werden, da diese dort nicht richtig sind, falls auf der Seite eine neue `parnumber` im Rand steht.
