Ich würde empfehlen, die Kopfzeilen einfach so zu lassen, wie sind in der Voreinstellung von <tt>scrartcl</tt> sind, wenn man lebende Kolumnentitel einschaltet:
<pre><code>
\documentclass[12pt,headsepline]{scrartcl}
\usepackage[ngerman]{babel}
% Seitenränder wie sie leider an vielen Unis vorgeschrieben sind
\usepackage[a4paper, left=2.5cm, right=2.5cm, top=2cm, bottom=2cm]{geometry}
\usepackage{blindtext}
%Kopfzeile mit lebenden Kolumnentiteln
\pagestyle{headings}
\begin{document}
\blinddocument
\end{document}
</code></pre>
Das ist eigentlich meistens eine gute Wahl. Im Kopf steht dann auch immer das Wesentliche, nämlich bei einseitigen Dokumenten der aktuelle Abschnitt. Abwechselnd Abschnitt und Unterabschnitt bekommt man bei doppelseitigen Dokumenten ebenfalls automatisch:
<pre><code>
\documentclass[12pt,twoside,headsepline]{scrartcl}
\usepackage[ngerman]{babel}
% Seitenränder wie sie leider an vielen Unis vorgeschrieben sind
\usepackage[a4paper, left=2.5cm, right=2.5cm, top=2cm, bottom=2cm]{geometry}
\usepackage{blindtext}
%Kopfzeile mit lebenden Kolumnentiteln
\pagestyle{headings}
\begin{document}
\blinddocument
\end{document}
</code></pre>