`\underline` hat nichts mit KOMA-Script zu tun und das Unterstreichen von Textstellen in pdfs ist generell unüblich. Wenn Du aber unbedingt unterstreichen musst oder willst und dafür den neuen Beschriftungsstil brauchst, dann kannst Du den doch einfach für Dich passend definieren. Also beispielsweise:
\makeatletter
\DeclareCaptionFormat{underline}{\@hangfrom{\underline{#1:}#2}{#3}}
\makeatother
Gekürztes Beispiel:
\documentclass[a4paper,
listof = entryprefix,
listof = totoc
]
{scrbook}
%\usepackage[utf8]{inputenc}% nur bei veralteten TeX Distributionen nötig
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[left=25mm, right=25mm, top=25mm, bottom=25mm]{geometry}
\usepackage{caption}
\makeatletter
\DeclareCaptionFormat{underline}{\@hangfrom{\underline{#1:}#2}{#3}}% <- geändert
\makeatother
\captionsetup{format=underline, labelsep=space,labelfont=bf, position=top}
\newcommand\entrywithprefixformat[1]{%
\def\autodot{:}%
\bfseries\underline{#1}%
}
\DeclareTOCStyleEntry[
\DeclareTOCStyleEntries[
entrynumberformat=\entrywithprefixformat,
dynnumwidth
]{default}{figure}
\DeclareTOCStyleEntry[
entrynumberformat=\entrywithprefixformat,
dynnumwidth
]{default}{table}
]{default}{figure,table}
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{Verzeichnisse}\label{sec:Verzeichnisse}
\section{Tabellenabschnitt}\label{sec:Tabellenabschnitt}
\begin{table}[hb]
\caption{Überschrift 1}
\caption{Überschrift 2}
\caption{Dies ist nur eine Beispieltabelle, bei dem der Caption über mehrere Zeilen geht und Captionbeschriftung anderer Tabellen beinhaltet. Überschrift 1 Überschrift 2 Überschrift 3 Überschrift 4}
\end{table}
\section{Abbildungsabschnitt}\label{sec:Abbildungsabschnitt}
\begin{figure}[hb]
\caption{Abbildung1}
\caption{Abbildung2}
\end{figure}
\listoftables
\listoffigures
\end{document}
