Wie bereits in einem Kommentar angegeben, kann ich das Problem nicht nachvollziehen. Deine Dein Beispiel ergibt bei mir:
[![Tabelle mit vertikalen Linien][1]][1]
Was also tatsächlich verschwindet, ist eine der beiden horizontalen Linien am Anfang. Das liegt daran, dass die Linie erst gezeichnet wird, dann aber der Hintergrund der nachfolgenden Zeile weiß eingefärbt wird, was die Linie wieder verschwinden lässt. Siehe dazu beispielsweise: [Wie verhindere ich das `colortbl` rules übermalt?](https://texwelt.de/fragen/15908/wie-verhindere-ich-das-colortbl-rules-ubermalt)
Dessen ungeachtet würde ich empfehlen, die Tabelle wie folgt zu setzen:
\documentclass[a4paper,12pt,toc=listofnumbered,caption=tableheading]{scrreprt}
\documentclass[a4paper,12pt,toc=listofnumbered,captions=tableheading]{scrreprt}
\usepackage[ngerman]{babel} % Deutsche Einstellungen
\usepackage[T1]{fontenc} % 8-bit-codierte Zeichensätze verwenden
%\usepackage{lmodern}% Latin Modern ist meiner Meinung nach European Computer Modern überlegen
\usepackage{siunitx} %Einheiten und Zahlen definieren
\sisetup{locale=DE,per-mode = fraction} % Deutsche Spracheinstellung
\usepackage{array}
\usepackage[table]{xcolor} % Zeilenfarbe Tabelle
\usepackage{booktabs}% Verbesserung bei Abständen und Linien in Tabellen
\begin{document}
\begin{table}[ht]
\rowcolors{2}{gray!15}{white}
\centering
\caption{Ausgewählte Eigenschaften des Wasserstoffs} \label{tab:Eigenschaften}
\begin{tabular}{lSrc}
\toprule
\textbf{Eigenschaft} & \textbf{Wert} & \textbf{Einheit} & \textbf{Quelle} \\
\midrule
Molare Masse & 2,0159 & \si{g/mol} & \\
Dichte* & 0,0899 & \si{kg/m^3} & \\
Siedetemperatur & -252,7 & \si{\celsius} & \\
Heizwert (flüssig) & 120,0 & \si{kJ/g} & \\
untere Explosionsgrenze & 18,3 & Vol.-\% & \\
Obere Explosionsgrenze & 59,0 & Vol.-\% & \\
untere Zündgrenze (in Luft) & 4,0 & Vol.-\% & \\
obere Zündgrenze (in Luft) & 77,0 & Vol.-\% & \\
Zündtemperatur & 560 & \si{\celsius} & \\
Verbrennungstemperatur in Luft & 2.045 & \si{\celsius} & \\
Mindestzündenergie & 0,017 & \si{mJ} & \\
\bottomrule
\multicolumn{4}{l}{\footnotesize *bei physikalischen Normbedingungen (T =
\SI{0}{\celsius}, p = \SI{1.013}{\milli\bar)} }
\end{tabular}
\end{table}
\end{document}
[![Tabelle ohne vertikale Linien][2]][3]
Linien][5]][5]
Das `Vol.-\%` könnte/sollte man eigentlich auch noch per `\DeclareSIUnit` als Einheit definieren.
[1]: https://texwelt.de/upfiles/test_20200116_125033.png
[2]: https://texwelt.de/upfiles/test_20200116_124722.png
[3]: https://texwelt.de/upfiles/test_20200116_124722.png[5]: https://texwelt.de/upfiles/test_20200116_161848.png