Damit die Verlinkung eindeutig wird, kann man alternativ zu Ulrikes Vorschlag auch die `hyperref` Option `hypertexnames=false` setzen.
Außerdem empfiehlt
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Besser wäre es sich aber, die Teile und deren übergeordnete Ebene nicht von Hand zu nummerieren. nummerieren und `\frontmatter` für den Teil des Dokuments vor `\mainmatter` zu verwenden (Danke für den Hinweis an @der_zornige_...). Hier ist mal noch ein Vorschlag für die Definition von `\mainpart` als übergeordnete Ebene von `\part`:
\documentclass[BCOR=9mm,paper=b5,DIV=12,headlines=2.1,fontsize=12pt,headings=optiontohead,headings=small,ngerman,parskip=half]{scrbook}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{libertine}
\usepackage{microtype}
\usepackage{ifluatex}
\usepackage{blindtext}% nur für Fülltext
\usepackage[
pagebackref=true,
hypertexnames=false% <- ergänzt
]{hyperref}
\usepackage[pagebackref=true]{hyperref}
%\usepackage{cleveref}% nach hyperref laden!
\DeclareTOCStyleEntry[
level:=part,
level+=-1,
indent:=part,
numwidth:=part
]{part}{mainpart}
\DeclareNewSectionCommand[
style=part,
level=\numexpr\partnumdepth-1\relax
]{mainpart}
\renewcommand*{\themainpart}{\Alph{mainpart}}
\renewcommand*{\thechapter}{\arabic{chapter}}
\renewcommand*{\thesection}{\alph{section}}
\renewcommand*{\thesubsection}{\alph{subsection}}
\counterwithout{footnote}{chapter}
\counterwithin*{part}{mainpart}
\counterwithin*{chapter}{part}
\renewcommand*{\mainpartformat}{\themainpart\autodot\enskip}
\renewcommand*{\partformat}{\thepart\autodot\enskip}
\renewcommand*{\partheadmidvskip}{}
\begin{document}
\frontmatter% <- ergänzt
\tableofcontents
\mainmatter
\clearpage
\pagestyle{headings}
\mainpart{Annäherungen und Verortungen}
\part{Annäherung}
\chapter{Theologische Leidenschaft und theologische Existenz}
\chapter{Persönliche Zugänge}
\chapter{Zwei Leitbegriffe: „zeitgemäß“ und „schriftgemäß“}
\chapter{Prägungen und Orientierungen}
\section{Biographische Voraussetzungen und theologische Anfänge}
\section{Hermann Diem und die „Richtung des Denkens“}
\section{Vertrauen auf das Wort: Was heißt das?}
\section{Vertrauen auf das Wort und theologische Reflexion}
\chapter{Bleibende Aufgabenstellungen}
\part{Theologische Verortungen}
\chapter{ Einflüsse hermeneutischer Theologie}
\section{Gerhard Ebeling und Ernst Fuchs}
\section{Sprache, Zeit und einfache Gottesrede}
\chapter{Zwischen Barth und Bultmann}
\section{ „Walfisch“und „Elephant“}
\section{Beharrliche Vermittlung: Hermann Diem}
\section{Die Positionierung Friedrich Mildenbergers}
\chapter{Kontext: „dialektische Theologie“}
\section{Eine Richtungsanzeige}
\section{Dialektische Theologie als theologische Strömung}
\section{Was heißt „dialektisch“? }
\chapter{Ein „sehr offener theologischer Grundkonsens“}
\section{Eine theologische Selbstverortung}
\section{Haupttendenzen in der Systematischen Theologie}
\section{Konturen eines Grundkonsenses}
\section{Abgrenzungen}
\chapter{Distanz und Nähe zu Friedrich Schleiermacher}
\section{Rückblick und Ausblick}
\section{Ein theologiegeschichtlicher Parforceritt }
\section{Die Religionshermeneutik Friedrich Schleiermachers}
\section{„Wider die religiöse Interpretation der Wirklichkeit“}
\section{Orientierung an Schleiermacher}
\chapter{Barth und Schleiermacher?}
\section{Die Zuordnung Friedrich Mildenbergers}
\section{Barths ambivalentes Verhältnis zu Schleiermacher}
\section{Eine provokante Verbindungslinie}
\chapter{Exkurs: Erlanger Konstellationen}
\section{Rückblick und Vorbemerkung}
\section{Elert, Althaus und der Streit um das Barmer Bekenntnis}
\section{Theologische Hintergründe}
\chapter{Grundentscheidungen – ein früher Schlüsseltext}
\section{Vorbemerkung}
\section{Ein „offenbarungstheologische(r) Versuch“}
\section{Abgrenzungen}
\section{Ansätze zur weiteren Durchführung}
\section{Zusammenfassung}
\chapter{Rückblick}
\mainpart{Thematische Schwerpunkte}
\part{Die Einheit der Schrift}
\chapter{Die Einheit der Gottesgeschichte und die Einheit der Schrift}
\section{Die Einheit der Gottesgeschichte als Voraussetzung der Schrifteinheit}
\section{Die Autorität des biblischen Kanons}
\chapter{Gottesgeschichte und Weltgeschehen}
\section{Unterscheidung und Zusammenhang}
\section{Die doppelte Referenz biblischer Texte}
\chapter{Die Einheit der Schrift als Voraussetzung ihrer Anwendbarkeit}
\section{Eine hermeneutische Anweisung}
\section{Die „ganze Schrift“?}
\chapter{Hören auf das Wort als Geistgeschehen}
\chapter{Kirchlicher Schriftgebrauch und historisch-kritische Schriftauslegung}
\chapter{Die Einheit der Schrift und das Verhältnis der beiden Testamente}
\section{Eine allgemeine Problemskizze}
\section{Ein dezidiert christlicher Zugang}
\section{Eine wichtige Einschränkung}
\section{Das Alte Testament als Zeugnis der Christuserwartung}
\section{Der „Überschuß des Alten Testaments“ und die Verschränkung der Zeiten}
\chapter{Die Einheit der Schrift und das Verhältnis zwischen Israel
und Kirche}
\section{Eine allgemeine Problemskizze}
\section{Eine dauerhafte Spannung}
\section{„Erwählung“ als zentrale Kategorie}
\section{Die Reichweite der Erwählung}
\section{Exkurs: Erwählung und Landgabe}
\part{Die Gotteserkenntnis und ihre Einheit}
\chapter{Das Problem der natürlichen Theologie}
\section{ „Ein doppelter Weg der Gotteserkenntnis?“}
\section{Die Aporie natürlicher Theologie}
\section{Die Erben natürlicher Theologie}
\chapter{Der Eine Name}
\chapter{„Gott als Name – der dreieinige Gott“}
\section{Eine „heterodoxe“ Sichtweise}
\section{Die Gottesgeschichte als trinitarische Gottesoffenbarung}
\section{Die trinitarische Zeitbestimmung}
\chapter{ „Theologie“ und „Ökonomie“}
\section{Eine schwierige und wichtige Terminologie}
\section{Die Verschränkung von Theologie und Ökonomie}
\section{Die Konstitution der Wirklichkeit als Restitution}
\section{Der Vorrang der Ökonomie und die Anthropologie}
\section{Der Vorrang des Evangeliums vor dem Gesetz}
\chapter{Die Schöpfungsmittlerschaft Jesu Christi}
\section{Zur theologischen Verortung des Themas}
\section{Eine nicht-spekulative Deutung}
\section{Exkurs: Die Wahrnehmung der Welt als Gleichnis}
\chapter{Schöpfung, Auferstehung und Reich Gottes}
\section{Die Entdeckung des Reiches Gottes}
\section{Reich Gottes und Auferstehung}
\section{Die Entdeckung des Reiches und die trinitarische Zeitbestimmung}
\section{Gott in der Schöpfung}
\section{Die eschatologisch-universale Dimension}
\chapter{Die Differenz der Zeiten}
\section{Die Erwählten und die (noch) Übergangenen}
\section{ „Von Zeit zu Zeit“}
\section{Jesus Christus in der Zeit}
\section{Rückblick und Ausblick}
\section{Die Kritik metaphysischen Denkens}
\section{Rückblick und Ausblick}
\section{Natürliche Theologie und Metaphysik oder: Ein schwieriger Begriff (überarbeiten)}
\section{Parmenideische und kartesianische Metaphysik}
\section{Die Destruktion metaphysischer Denkstrukturen}
\chapter{Metaphysik und Trinitätslehre}
\section{Ein„fremde(s) Denken“}
\section{Exkurs: „Filioque“– eine metaphysische Inkonsequenz}
\section{Eine Fundamentalkritik}
\section{Denken an der Grenze}
\end{document}
**Anmerkung:** Die `:` und `+` Syntax im optionalen Argument von `\DeclareTOCStyleEntry` steht erst ab KOMA-Script Version 3.27 zur Verfügung. Alternativ kann man die Einstellungen `style`, `level`, `indent` und `numwidth` auch über `\DeclareNewSectionCommand` mit definieren. Sie erhalten dann alle den Präfix `toc` und es müssen explizite Werte angegeben werden. Das funktioniert dafür auch mit älteren KOMA-Script Versionen.
\DeclareNewSectionCommand[
style=part,
level=\numexpr\partnumdepth-1\relax,
tocstyle=part,
toclevel=\numexpr\parttocdepth-1\relax,
tocindent=0pt,
tocnumwidth=2em
]{mainpart}