Da das Problem in Ermangelung eines echten **vollständigen** Minimalbeispiels nicht reproduzierbar ist, kann ich selbst auch kein vollständiges Beispiel für eine Lösung liefern. Da aber anscheinend die Aneinaderreihung einer `H`-platzierten `figure`-Umgebungen [`H`-platzierten `figure`-Umgebung](https://texwelt.de/fragen/6635) und einer `figure`-Gleitumgebung zusammen mit ungünstigen Höhenangabe und vertikalen Ausrichtungsoptionen der `minipage`-Umgebungen das Problem sind, seien zwei alternative Lösungsvorschläge empfohlen.
Beiden Vorschlägen gemeinsam ist, die Höhenangabe bei den `minipage`-Umgebungen wegzulassen und deren Inhalt an der oberen Grundlinie (also der Unterkante der Abbildungen) auszurichten. Dadurch stehen die Abbildungen unten ausgerichtet nebeneinander und die Bildunterschriften sind an ihren Oberkanten ausgerichtet. Das ist normalerweise die gewünschte Form.
Der erste Lösungsvorschlag wäre dann, Option `H` bei der ersten `figure`-Umgebungen wegzulassen und so beide Abbildungen wirklich gleiten zu lassen. Das könnte beispielsweise so aussehen:
\begin{figure}
\begin{minipage}[t]{0.45\linewidth}
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{Kristallisation/MaMü_A5.jpg}
\caption{Mikroskopische Aufnahme von A5.}
\end{minipage}%
\hfill
\begin{minipage}[t]{0.45\linewidth}
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{Kristallisation/MaMü_B2.jpg}
\caption{Mikroskopische Aufnahme von B2.}
\end{minipage}
\end{figure}
\begin{figure}
\centering
\begin{minipage}[t]{0.45\linewidth}
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{Kristallisation/MaMü_B3.jpg}
\caption{Mikroskopische Aufnahme von B3.}
\end{minipage}%
\hfill
\begin{minipage}[t]{0.45\linewidth}
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{Kristallisation/MaMü_C2.jpg}
\caption{Mikroskopische Aufnahme von C2.}
\end{minipage}
\end{figure}
Das wäre schon deshalb zu empfehlen, weil bei `figure`-Gleitumgebungen, die in der Näher von (per [(per Paket `float`) `H`-platzierten `figure`-Umgebungen `figure`-Umgebungen](https://texwelt.de/fragen/3427) stehen, die Reihenfolge der Umgebungen und damit die Konsistenz der Nummerierung nicht sichergestellt ist.
Sollen die beiden `figure`-Umgebungen unbedingt zusammen auf einer Seite stehen, so kann man sie gemäß meinem zweigen zweiten Lösungsvorschlag einfach zu einer Umgebung zusammenfassen:
\begin{figure}
\begin{minipage}[t]{0.45\linewidth}
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{Kristallisation/MaMü_A5.jpg}
\caption{Mikroskopische Aufnahme von A5.}
\end{minipage}%
\hfill
\begin{minipage}[t]{0.45\linewidth}
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{Kristallisation/MaMü_B2.jpg}
\caption{Mikroskopische Aufnahme von B2.}
\end{minipage}
% \bigskip, \medskip, \smallskip, \vspace{…} sind hier zusätzlich denkbar
\begin{minipage}[t]{0.45\linewidth}
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{Kristallisation/MaMü_B3.jpg}
\caption{Mikroskopische Aufnahme von B3.}
\end{minipage}%
\hfill
\begin{minipage}[t]{0.45\linewidth}
\centering
\includegraphics[width=\textwidth]{Kristallisation/MaMü_C2.jpg}
\caption{Mikroskopische Aufnahme von C2.}
\end{minipage}
\end{figure}
Wenn man unbedingt will, kann man in diesem Fall auch noch mit [mit `float` und Option `H` für die `figure`-Umgebung eine Platzierung unbedingt hier und damit die Aufhebung der Gleitfähigkeit Gleitfähigkeit](https://texwelt.de/fragen/3427) erzwingen.