Ich Ja, der Absatzeinzug ist gewollt. Wie von @moewe in einem Kommentar erklärt, hat ein Absatzeinzug unmittelbar nach einer Überschrift bei normalen Textabsätzen keinen Nutzen. Daher ist er normalerweise explizit abgeschaltet. KOMA-Script bietet zwar die Möglichkeit, ihn auch explizit für jede Überschriftenart einzeln einzuschalten, aber in der Regel ist das nicht wirklich sinnvoll.
Für Spezialfälle wie deinem, denke da ich ähnlich wie von @moewe in seinem zweiten Kommentar geäußert. Ich würde also eine Auflistung tatsächlich als Liste setzen, beispielsweise mit
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{mhchem}
\begin{document}
\section{Reaktionsgleichungen}
\begin{itemize}
\item \ce{HClO4 + CH3COOH <=> CH3COOH2+ + ClO4-}
\item \ce{CH3COOH + CH3COOH <=> CH3COOH2+ + CH3COO-}
\item \ce{H2SO4 + 2 NaOH <=> Na2SO4 + 2 H2O }
\end{itemize}
\end{document}
oder nummeriert:
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{mhchem}
\begin{document}
\section{Reaktionsgleichungen}
\begin{enumerate}
\item \ce{HClO4 + CH3COOH <=> CH3COOH2+ + ClO4-}
\item \ce{CH3COOH + CH3COOH <=> CH3COOH2+ + CH3COO-}
\item \ce{H2SO4 + 2 NaOH <=> Na2SO4 + 2 H2O }
\end{enumerate}
\end{document}
Das hat den Vorteil, dass man auch mehr Abstand zwischen den Reaktionsschemata hat.
Wenn man sich an den Auflistungspunkten stört, kann man auch schlicht linksbündig setzen und über den Absatzabstand den zusätzlichen Absatz regeln:
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{mhchem}
\begin{document}
\section{Reaktionsgleichungen}
\begin{flushleft}\KOMAoptions{parskip=half-}
\ce{HClO4 + CH3COOH <=> CH3COOH2+ + ClO4-}
\ce{CH3COOH + CH3COOH <=> CH3COOH2+ + CH3COO-}
\ce{H2SO4 + 2 NaOH <=> Na2SO4 + 2 H2O }
\end{flushleft}
\end{document}
auch zentrieren ist so möglich:
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{mhchem}
\begin{document}
\section{Reaktionsgleichungen}
\begin{center}\KOMAoptions{parskip=half-}
\ce{HClO4 + CH3COOH <=> CH3COOH2+ + ClO4-}
\ce{CH3COOH + CH3COOH <=> CH3COOH2+ + CH3COO-}
\ce{H2SO4 + 2 NaOH <=> Na2SO4 + 2 H2O }
\end{center}
\end{document}
Und wie von @moewe bereits im Kommentar erwähnt und beispielsweise auf Seite 12 der `mhchem`-Anleitung gezeigt, wäre auch die Verwendung von `align*` sinnvoll möglich:
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{mhchem}
\begin{document}
\section{Reaktionsgleichungen}
\begin{align*}
\ce{HClO4 + CH3COOH &<=> CH3COOH2+ + ClO4- \\
CH3COOH + CH3COOH &<=> CH3COOH2+ + CH3COO- \\
H2SO4 + 2 NaOH &<=> Na2SO4 + 2 H2O}
\end{align*}
\end{document}
Meist ist es übrigens IMHO noch sinnvoll, einen einleitenden Satz nach der Überschrift einzufügen.
