So wie es aussieht verwendet `beamer` die `footline`-Vorlage zur Berechnung von Abständen und Seitengrößen wenn die erste Folie platziert wird innerhalb von `\begin{document}` und ändert dies danach nicht mehr. Deshalb muss man die Vorlage global einschalten, dann vor der betreffenden Folie ausschalten und danach wieder einschalten.
\documentclass[aspectratio=169]{beamer}
\usetheme[]{PaloAlto}
\usecolortheme{crane}
\setbeamertemplate{footline}[frame number] % global einschalten
\setbeamertemplate{navigation symbols}{}
\title[Titel kurz]{Kompletter Titel in lang}
\author{Name Vorname}
\date{}
\subtitle{ein Test}
\begin{document}
\setbeamertemplate{footline}{} % ausschalten...
\begin{frame}[noframenumbering]
\maketitle
\end{frame}
\setbeamertemplate{footline}[frame number] % ...wieder einschalten
\section{Einleitung}
\begin{frame}{Einleitung}
Hallo Welt!
\end{frame}
\section{Ende}
\begin{frame}{Ende}
Tschüss Welt!
\end{frame}
\end{document}
[![alt text][1]][1]
[1]: https://texwelt.de/upfiles/Screenshot_from_2022-03-04_10-21-43.png
