Abspeichern kann man die Datei wo man will. Man muss lediglich den Pfad mit angeben.
\input /home/user/mymacros.tex
Wenn man das nicht möchte, kann man sich im Verzeichnisbaum von TeX einen Zweig erstellen, in dem man alle eigenen Dateien speichert, dann werden sie immer gefunden.
Zur Aktualiserung einmal texhash aufrufen, damit das Programm immer den aktuellen Stand der Verzeichnisse kennt.
Wer mag, kann sich bei [CTAN][1] über den tds-Verzeichnisbaum informieren oder bei [Texlive][2] nachschauen.
[1]: http://ctan.org/tex-archive/tds
[2]: http://www.tug.org/texlive/doc/texlive-de/texlive-de.html#x1-120002.2