Die Legende mittig unter der dem x-Label positionieren kannst du mit 
    legend style={
      at={(current bounding box.south-|current axis.south)},
      anchor=north,
      legend columns=-1
    }, 
Den Abstand nach einem Legendeneintrag kannst du zum Bespiel mit `\hspace*{...}` vergrößern.
    \legend{$100\%Ar$\hspace*{1em}, $98\%Ar+2\%N_2$}
Für die gewünschten Achsenenden lädst du am besten die `arrows.meta` Bibliothek. Dann geht das mit 
    y axis line style={-Bar[left]},
    x axis line style={-Bar[right]},
![alt text][1]
  [1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/diagr.PNG
    \documentclass{article}
    \usepackage[utf8]{inputenc}
    \usepackage{pgfplots}
    \pgfplotsset{compat=newest}
    \usetikzlibrary{arrows.meta}
    \begin{document}
    \begin{figure}[h]
    \centering
    \begin{tikzpicture} 
    \begin{axis}[
      /pgf/number format/.cd, use comma,1000 sep={}, 
      ybar=10pt,height=8cm,width=12cm,
      ymin=0, 
      enlarge x limits=0.15,
      enlarge y limits={upper,value=0.22},
      axis lines*=left,
      y axis line style={-Bar[left]},
      x axis line style={-Bar[right]},
      legend style={
        at={(current bounding box.south-|current axis.south)},
        anchor=north,
        legend columns=-1
      }, 
      ylabel={Ferritgehalt [FN]},
      xlabel={Charge}, 
      every axis x label/.style={at={(current axis.south)},below=8mm},
      symbolic x coords={100419,100597,94810,100357,100454}, 
      xtick=data, nodes near coords, nodes near coords align={vertical},
      every node near coord/.append style={anchor=mid west,rotate=60}
    ]
    \addplot coordinates {(100419,45.8) (100597,51.9) (94810,51.6) 
      (100357,44.6) (100454,50.5) }; 
    \addplot coordinates {(100419,39.4) (100597,43) (94810,36.8) 
      (100357,35.7) (100454,39.6) };
    \legend{$100\%Ar$\hspace*{1em}, $98\%Ar+2\%N_2$}
    \end{axis} 
    \end{tikzpicture}
    \caption{Ferritmessung in Abhängigkeit von Charge und Schutzgas}%
    \label{fig:ferritmessung}%
    \end{figure}
    \end{document}
  [1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/diagr_1.PNG