Im `rotating`-Paket, woher `sidewaystable` stammt, fand ich keinen Bezug zu Fußnoten, doch habe gefunden, dass dieses "verbuchstabigen" von intern verwendeter `minipage`-Umgebung kommt. Innerhalb von `minipage` werden Fußnoten nämlich alphabetisch nummeriert.
Also kriege ich arabische Ziffern mit dem Befehl
`\renewcommand*{\thempfootnote}{\arabic{mpfootnote}}`
den ich in der `sidewaystable`-Umgebung platzieren kann, wo er nur lokal wirkt, oder in der Präambel, wenn es immer sein soll, auch in `minipage`.
Dann brauche ich auch kein Gebastel `\footnotemark[2]\footnotetext[2]{...}` sondern `\footnote{...}` reicht und ich habe automatische Nummerierung.
Man muss schon aufpassen, dass man mit der normalen Fußnotennummerierung nicht kollidiert und Nummern doppelt vorkommen oder die Reihenfolge nicht stimmt. Obiges umstellen würde ich nur, wenn diese Gefahr nicht besteht.
Ansonsten gibt es auch noch auf Fußnoten in Tabellen spezialisierte Pakete, wie `threeparttable` und `tablefootnote`.