`pdflatex` besitzt das Kommandozeilenargument `-output-directory=<dir>` womit sich das Verzeichnis angeben lässt wohin die Ausgabe geschrieben werden soll. Der folgende Screenshot illustriert das glaube ich ganz gut.
gut. (Klicken für volle Größe)
[![alt text][1]](http://texwelt.de/wissen/upfiles/2_005.png)
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/2_005-1_1.png