Oder ,wiedermal Oder, wiedermal mit --shell-escape, die Ergebnisdateien (pdf) in ein Verzeichnis kopieren lassen.
    \documentclass[10pt,a4paper]{article}%
    \usepackage[utf8]{inputenc}%
    \usepackage[ngerman]{babel}%
    \begin{document}
    Test
    \immediate\write18{*kopierbefehl* \jobname.pdf *zielverzeichnis* }
    \end{document}%