Oder ,wiedermal Oder, wiedermal mit --shell-escape, die Ergebnisdateien (pdf) in ein Verzeichnis kopieren lassen.
\documentclass[10pt,a4paper]{article}%
\usepackage[utf8]{inputenc}%
\usepackage[ngerman]{babel}%
\begin{document}
Test
\immediate\write18{*kopierbefehl* \jobname.pdf *zielverzeichnis* }
\end{document}%