Die beiden Befehle `\setkomafont` und `\addtkomafont` `\addtokomafont` sind eigentlich nur für die Umschaltung von Schriftattributen oder Farbumschaltungen vorgesehen.
Für die horizontale Ausrichtung der Überschriften gibt es dagegen die beiden Makros `\raggedpart` und `\raggedsection` vorgesehen. Letzteres ist für alle abgesetzten Überschriften mit Ausnahme von `part` zuständig.
\renewcommand\raggedsection\centering
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Wenn tatsächlich nur die `section` Überschrift zentriert werden soll und du das deshalb doch über die Änderung des Schriftelementes `section` machen musst, dann beachte, dass `\setkomafont` die Schrifteinstellung komplett neu definiert während `\addtokomafont` nur deinen Befehl ergänzt.
\addtokomafont{section}{\centering}
führt zu
![alt text][1]
\setkomafont{section}{\centering}
führt dagegen zu
![alt text][2]
Das sich nur die Schriftgröße ändert, liegt daran, dass (in der Voreinstellung) die Umschaltung auf fette, serifenlose Schrift vom Schriftelement `disposition` vorgenommen wird, welches bei allen Gliederungsebenen vor dem Element der jeweiligen Ebene angewandt wird.
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/section2.png
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/section1.png
