Wenn Du in Texmaker im Menü `Optionen` zum Menüpunkt `Texmaker konfigurieren` gehst, kannst Du direkt unter Befehle in der Zeile `Makeindex` den Aufruf ändern, also das `-c` ergänzen. Das gilt dann natürlich nicht nur für das aktuelle Dokument, sondern immer, wenn Du `Makeindex` über die Toolbar oder `F12` aufrufst. Hier ein kleiner, relevanter Ausschnitt aus dem Konfigurationsdialog, in dem ich das mal eingefügt habe:
![makeindex -c %.idx][1]
Die relevante Zeile ist in der Abbildung hervorgehoben.
Alternativ kannst Du auch unter `Benutzer/in` → `Eigene Befehle` → `Eigene Befehle editieren` einen eigenen Befehl für `makeindex -c` eintragen. Das sähe dann beispielsweise so aus:
![eigener Befehl][2]
Dann kannst Du `makeindex -c' -c` entweder über den entsprechenden Menüpunkt unter `Benutzer/in` → `Eigene Befehle` ausführen oder über die zugehörige Tastenkombination (im gezeigten Beispiel wäre es `ALT` + `Umschalt` + `F1`).
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/makeindex_1.png
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/makeindex1.png
