Zunächst einmal sei darauf hingewiesen, dass in Deinem Beispiel Code für die Verwendung des Pakets [`appendix`][1] mit Code, den bei man nur ohne die Verwendung des Pakets nehmen würde, gemischt ist:
Mit dem Paket `appendix` erzeugt man nicht nur die Überschrift »Anhang« selbst über die Anweisung `\appendixpage`, wie Du das bereits gemacht hast, auch für den Eintrag ins Inhaltsverzeichnis bietet das Paket mit `\addappheadtotoc` eine Anweisung.
Ohne das Paket `appendix`, aber mit KOMA-Script würde man hingegen die Überschrift beispielsweise per `\addpart{\appendix}` erreichen und hätte dann auch schon einen Eintrags ins Inhaltsverzeichnis.
Ohne KOMA-Script, müsste man die Überschrift auf andere Weise erreichen und wie Du den Eintrag ins Inhaltsverzeichis mit `\addcontentsline` lösen, allerdings nicht auf `section`-Ebene, sondern in der Regel eher auf `part`-Ebene.
Darüber hinaus, setzt Du die letzte Seite des Tabellenverzeichnisses ins Inhaltsverzeichnis. Ich spare mir eine lange Erklärung, wie man das mit `\addcontentsline` richtig machen würde, denn die im Beispiel verwendete KOMA-Script-Klasse `scrartcl` bietet dafür mit `listof=totoc` bereits eine hervorragend funktionierende, sehr einfache Lösung an.
Um auf Deine Frage zurück zu kommen: Die Anweisung muss genau dort in den Text, ab wo sie im Verzeichnis wirken soll.
Mit den ganzen oben erwähnten Vereinfachungen ergibt sich dann:
\documentclass[12pt,headings=normal,listof=totoc]{scrartcl}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{blindtext}
\usepackage{hyperref}
\begin{document} %Dokument beginnen
\tableofcontents
\blinddocument
\begin{table}[ht!]
\centering
\captionabove{Tabelle Kapitel}
\begin{tabular}{ll}
\toprule
\multicolumn{2}{c}{\textbf{Test}} \\
\midrule
A & B \\
E & F \\
G & H \\
\bottomrule
\end{tabular}
\end{table}
\listoftables
\appendix
\addtocontents{lot}{\protect\value{tocdepth}=0\relax}% Ab dem Anhang Einträge im
% Tabellenverzeichnis nicht mehr anzeigen.
% Für das Abbildungsverzeichnis wäre übrigens "lof" statt "lot" zu verwenden.
\addpart{\appendixname}% Überschrift mit Eintrag ins Inhaltsverzeichnis
\blinddocument
\begin{table}[ht!]
\centering
\captionabove{Tabelle Anhang}
\renewcommand{\arraystretch}{1.2}
\begin{tabular}{ll}
\toprule
\multicolumn{2}{c}{\textbf{Test}} \\
\midrule
A & B \\
E & F \\
G & H \\
\bottomrule
\end{tabular}
\end{table}
\end{document}
Die gezeigte Verwendung von `\addchao` `\addpart` hat den Vorteil, dass sie sich in die Überschriften der Klasse harmonisch einfügt und mit den Befehlen der Klasse (beispielsweise `\setkomafont`) konfigurierbar ist.
Übrigens ist es recht ungewöhnlich das Tabellenverzeichnis zwar hinten aber vor dem Anhang zu haben.
[1]: http://www.ctan.org/pkg/appendix