Für ein backup könnte man auch die [`move`-Regel][1] von Paulo Cereda verwenden;
das verschiebt die Dateien in einen angegebenen Ordner, d.h. eine nachfolgende `clean`/`remove`-Regel ist nimmer nötig.
Ich kann das mal hierhin kopieren, sonst muß man soviel springen:
!config
# Move rule for arara
#author: Paulo Cereda
# requires arara 3.0+
identifier: move
name: Move
command: <arara> @{isFalse(isEmpty(item), isWindows("cmd /c move /y", "mv -f").concat(' "').concat(getBasename(file)).concat('.').concat(item).concat('"').concat(' "').concat(target).concat('"'))}
arguments:
- identifier: target
flag: <arara> @{parameters.target}
____
% arara: pdflatex
% arara: move: { items: [ log, aux ], target: stuff }
\documentclass{article}
\begin{document}
Hello world.
\end{document}
[1]: http://tex.stackexchange.com/questions/7265/need-aux-file-in-separate-folder