Für ein backup könnte man auch die  [`move`-Regel][1] von Paulo Cereda verwenden;
das verschiebt die Dateien in einen angegebenen Ordner, d.h. eine nachfolgende `clean`/`remove`-Regel ist nimmer nötig. 
Ich kann das mal hierhin kopieren, sonst muß man soviel springen:
    !config
    # Move rule for arara
    #author: Paulo Cereda
    # requires arara 3.0+
    identifier: move
    name: Move
    command: <arara> @{isFalse(isEmpty(item), isWindows("cmd /c move /y", "mv -f").concat(' "').concat(getBasename(file)).concat('.').concat(item).concat('"').concat(' "').concat(target).concat('"'))}
    arguments:
    - identifier: target
      flag: <arara> @{parameters.target}
____
    % arara: pdflatex
    % arara: move: { items: [ log, aux ], target: stuff }
    \documentclass{article}
    
    \begin{document}
    
    Hello world.
    
    \end{document}
  [1]: http://tex.stackexchange.com/questions/7265/need-aux-file-in-separate-folder