Du kannst `\footnotesep` ändern:
\setlength\footnotesep{0pt}
<!--->
![alt text][1]
Code:
\documentclass{beamer}
% --- default ---
\usepackage{xltxtra}
\usepackage{polyglossia}
\setdefaultlanguage[spelling=new]{german}
% --- Fußnotenschriftgröße ---
\renewcommand{\footnotesize}{\Tiny}
\setlength\footnotesep{0pt}
% --- document ---
\begin{document}
\begin{frame}
\frametitle{Frame-Titel}
Text\footnote{Fuß A}
Text\footnote{Fuß B}
\end{frame}
\end{document}
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/footnotesep.png
