Dein erstes Problem verstehe ich vermutlich nicht richtig. Jedenfalls Du kannst Du `width` und `height` jederzeit mit weiteren `\pgfplotsset`-Anweisungen oder direkt als `axis`-Option ändern.
Ein individuelles Grid kannst Du beispielsweise per `tikz`-Anweisung einbauen. Ich mache das im folgenden Beispiel direkt in der `axis`-Umgebung, weil dabei die *Einheit* für die Zahlenwerte bereits entsprechend gesetzt ist:
\documentclass[11pt,a4paper,oneside,chapterprefix,numbers=enddot]{scrbook}
\usepackage{pgfplots,siunitx}
\pgfplotsset{width=\textwidth, height = 0.4\textheight,
compat=newest, minor tick style={black}, legend style={cells={anchor=west}},every axis legend/.append style={at={(0.99,0.02)},anchor=south east}, ticklabel shift={0.05cm}}
\usepgfplotslibrary{units}
\begin{document}
\begin{figure}
\begin{minipage}[t]{0.475\textwidth}
\centering
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[grid = major,
xlabel near ticks,
ylabel near ticks,
xlabel = {Zeit} \si{\minute},
ylabel = {Temperatur} \si{\celsius},
xtick = {0,100},
xmin=-10, xmax=110,
]
\addplot[blue,mark=none,domain=0:100, samples=2] {10*x};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\caption{Nr.1}
\end{minipage}
\hfill
\begin{minipage}[t]{0.475\textwidth}
\centering
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[grid = major,
width=\textwidth,height=.5\textheight,% Übersteuere \pgfplotsset
xlabel near ticks,
ylabel near ticks,
xlabel = {x},
ylabel = {y},
xtick = {0,80},
xmin=-10, xmax=110,
ymax=1100 ]
\addplot[blue,mark=none,domain=0:80, samples=2] {10*x};
\draw[xstep=10,ystep=100,gray,very thin] (-10,-100) grid (110,1100); % individuelles GRID eingefügt
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\caption{Nr.2}
\end{minipage}
\end{figure}
\end{document}
Ich hoffe, ich habe verstanden, was Du suchst.Man kann aber auch außerhalb der `axis`-Umgebung innerhalb der `tikzpicture`-Umgebung beliebig in *das Bild des Plots* hineinzeichnen. Ggf. kann man sogar mit *overlays* arbeiten, um verschiedene Ebenen gezielt übereinander zu legen.
