Aufgrund der Fehlermeldung vermute ich, dass Du `lualatex` verwendest, denn bei `xelatex` oder `pdflatex` lautet die Fehlermeldung nämlich:
<pre>! TeX capacity exceeded, sorry [main memory size=5000000].</pre>
(der angegebene Wert für `main memory size` kann auch anders ausfallen). `lualatex` kennt so etwas wie statische Speicherarrays AFAIK nicht. Deshalb funktioniert die Erhöhung des Speichers nur mit `pdflatex` oder `xelatex`. Wenn ich unter TeX Live eine `texmf.cnf` mit
<pre><code>extra_mem_top = 20000000 % extra high memory for chars, tokens, etc.
extra_mem_bot = 20000000 % extra low memory for boxes, glue, breakpoints, et</code></pre>
erstelle und die `figure`-Umgebung [sinnvollerweise](http://www.texwelt.de/wissen/fragen/1033/wie-zentriere-ich-eine-abbildung-oder-tabelle-richtig) leicht abändere:
\documentclass{article}
\usepackage{pgfplots}
\pgfplotsset{compat=newest,plot coordinates/math parser=false}
\usepackage{tikz}
\begin{document}
\begin{figure}[t]
\centering
\input{testplot.tex} \input{myfile.tex}
\end{figure}
\end{document}
und die `texmf.cnf` zusätzlich zur normalen Datei verwende, dann läuft `pdflatex` ohne Fehler durch und produziert:
![plot][1]
Bei MiKTeX kann man AFAIK auch einfach die Optionen `--extra_mem_top=20000000` und `--extra_mem_bot=20000000` beim Aufruf von `pdflatex` verwenden, um die beiden Speicherbereiche zu ändern.
Die genannte Änderung der `figure`-Umgebung alleine vermeidet auch bereits die Fehlermeldung mit `lualatex`. Vermutlich ist die Datei nicht für eine Listenumgebung wie eine `center`-Umgebung geeignet.
Der Lauf dauert übrigens ziemlich lange (bei mir mehrere Minuten). Ich würde in dem Fall daher den Plot nur einmal (beispielsweise über `standalone`-Klasse) erzeugen und dann künftig mit `\includegraphics` laden. Dann braucht man die Erweiterung des Speichers auch nur das eine Mal, wenn man die Grafik erstellt. Hingegen die Erweiterung des Speichers nur für den `pdflatex`-Aufruf der `external library` von Tikz portabel zu aktivieren, könnte schwierig werden. TeX Live kennt keine Option `-extra_mem_…` für den Aufruf von `pdflatex`. Nur für MiKTeX könnte man hingegen `/tikz/external/system call` (siehe die TikZ-Anleitung, `pgfmanual`) entsprechend setzen.
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test8.png
