Nach einiger Sucherei habe ich beschlossen doch nochmal der external-libbary external-libary eine Chance zu geben, was jetzt auch funktioniert.
Folgende drei Zeilen haben das Problem beseitigt:
\usepgfplotslibrary{external}
\tikzexternalize
\tikzsetexternalprefix{external_figs/}
Wenn ich alles richtig verstanden habe, werden dabei in einem ersten Lauf alle Bilder in das Verzeichnis external_figs compiliert. Außerdem wir vorher eine Prüfsumme berechnet, mit der sichergestellt wird, dass nur veränderte Dateien neu Compiliert werden. Alles in allem ganz brauchbar.
Vielen Dank nochmal Stefan, aber ich wollte nicht meine ganze Präambel auseinandernehmen, ich denke, dass hätte ein riesiges Chaos gegeben.