Eine Möglichkeit ist die Verwendung von `\vphantom{....}`
![alt text][1]
PS: Es natürlich Geschmacksache, aber ich habe mich bemüht, das ganze etwas übersichtlicher zu gestalten.
\documentclass[varwidth, margin=5mm]{standalone}
\usepackage{xcolor}
\pagecolor{lightgray!70!green}
%\documentclass{article}
\documentclass{article}
\usepackage{amsmath}
\begin{document}
\def\TermI{%
\left[ \frac{\sin\left( \frac{\pi b \sin(\theta)}{\lambda} \right)}{\left( \frac{\pi b \sin(\theta)}{\lambda} \right)} \right]^2
}%
\def\TermII{\cos^2\left( \frac{\pi}{d} \cdot \sin(\theta) \right)}
\begin{align*}
I(\theta) =
I_0 \cdot \underbrace{\TermI}_{\text{Beugungsfaktor}}
\cdot
\underbrace{\TermII \vphantom{\TermI}}_{\text{Interferenzfaktor}}
\end{align*}
\end{document}
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/Namenlos-11e4xxx_1.png
