Das Problem sind nicht die mehrfachen newcolumntypes, sondern dass du deinen Spaltentyp in der letzten Spalte verwendest: Durch die varwidth-Umgebung erkennt LaTeX die `\\` nicht mehr als (Tabellen-)Zeilenenden. Verwende statt `\\` \tabularnewline:
\begin{tabular}{|Y|A|}
\hline
Nastran Text kurz & \cellcolor{gray!50} 1\tabularnewline\hline
Kurzer Text & 2\tabularnewline \hline
\end{tabular}\end{tabular}
Nachtrag: Du kannst übrigens eine Spaltentyp mit Argument definieren:
\newcolumntype{Y}[1]{>{\begin{varwidth}{#1}}r<{\end{varwidth}}}
und dann als Y{3cm} nutzen.