Die Fehlermeldung deutet darauf hin, dass versucht wird, auf einen fontdimen-Parameter eines Mathefonts zuzugreifen, der noch gar nicht geladen wurde. Man muss dazu wissen, dass die `tfm`-Dateien eines Fonts bei LaTeX seit NFSS2, also letztlich seit LaTeX2e, erst geladen werden, wenn die Fonts das erste Mal verwendet werden. Vorher, also bei LaTeX 2.09, war das AFAIK noch anders. Dort wurden Fonts direkt über `\font`-Anweisungen im Format bzw. in der Dokumentpräambel geladen. Daher kann es solche Probleme mit alten LaTeX-2.09-Stilen geben, die mit dem heutigen LaTeX verwendet werden. Wenn wir uns `blkarray` einmal ein wenig anschauen, dann erkennen wir leicht, dass es sich dabei genau um einen LaTeX-2.09-Stil und eben nicht um ein LaTeX-Paket handelt. Zwischen der Version von 1992 (vor LaTeX2e) und der Version von 1999 wurde lediglich die E-Mail-Adresse geändert. Es wurde kein echtes LaTeX-Paket daraus gemacht.
Wie kann man nun aber dafür sorgen, dass der Mathefont vor dem Zugriff tatsächlich geladen wird? Man könnte natürlich vor der `blockarray`-Umgebung kurz in den Mathemodus schalten. Allerdings hat das normalerweise auch eine Auswirkung auf den Satz. Es gibt aber einen Trick: Lediglich eine Box mit mathematischem Inhalt definieren, ohne diese zu verwenden. Dafür bietet sich das temporäre Box-Register `\@tempboxa` an, das LaTeX intern ebenfalls verwendet. Damit dieses verwendet werden kann, muss es lediglich an *unkritischer Stelle* verwendet werden. Das ist hier der Fall:
\documentclass[12pt,a4paper,twoside]{report}
\usepackage{blkarray}% Veralteten, experimentellen LaTeX-2.09-Stil als Paket laden.
\renewcommand*{\familydefault}{\sfdefault}
\makeatletter
% Am Anfang des Dokuments die Mathefonts laden:
\AtBeginDocument{\sbox\@tempboxa{$\null$}}
\makeatother
\begin{document}
\begin{blockarray}{*{2}{>{\bfseries}l}l} %oder: {*{3}{>{\bf}l}}
\BAhhline{---}
Anwendung & Betriebssystem & Version \\
\BAhhline{---}
\begin{block}{ll\}\BAmultirow{5em}}
Fileservice & Linux & Debian\\
Backup & Linux & \relax \\
Mail & Linux & \relax \\
\end{block}
\begin{block}{ll\}\BAmultirow{5em}}
Datenbanken & Linux & Red Hat\\
DHCP / DNS & Linux & \relax \\
\end{block}
\begin{block}{lll}
LDAP / Domaincontroller & Windows & Server 2008\\
\end{block}
\BAhhline{---}
Eventuelle & Zusatzangaben & Hauptblock
\end{blockarray}
\end{document}
Das Paket greift allerdings auch fest auf `\textfont 2` (in Form von `\textfont\tw@`) zu. Ob das bei Verwendung von NFSS2 noch immer die korrekte Wahl ist, kann ich nicht sagen, ohne mich wirklich tief mit dem Code des Pakets auseinander zu setzen. Es könnte sein, dass dies nur bei LaTeX 2.09 die korrekte Methode war und man heute eigentlich anders vorgehen sollte.
Eventuell könnte man David darum bitten, den Stil zu einem modernen LaTeX2e-Paket weiterzuentwickeln, das dieses Problem solche Probleme nicht hat. Es kann aber auch leicht sein, dass er dann antwortet, man solle lieber [mit existierenden alternativen Lösungen arbeiten](http://texwelt.de/wissen/fragen/764/wie-kann-ich-geschweifte-klammern-uber-mehrere-tabellen-zeilen-spannen).