Ich bin nicht hundertprozentig sicher, dass ich verstanden habe, was Grundsätzlich sollte es eigentlich ganz einfach gehen: Du willst, aber vielleicht so etwas in kannst Dir ein Makro definieren, das den Namen des gewünschten Ornders enthält, und dieses Makro dann an der Art?
entsprechenden Stelle [bei `\input` oder `\include` verwenden][1]. Die Syntax ist (sehr vereinfacht):
\newcommand<makroname>{<definition>}
Dabei ist `<makroname>` ein neuer LaTeX-Befehl, der also mit Backslash anfangen muss, `<definition>` ist der Ersetzungstext, der verwendet werden soll, wenn das neue Makro expandiert wird.
Insgesamt sollte das also etwa folgendermaßen aussehen:
\documentclass{report}
\newcommand*\Englisch{Englisch}
\newcommand*\Deutsch{Deutsch} % im Beispiel unten nicht benötigt
\newcommand*\Version{Englisch}
\newcommand*\ordnername{Folder_Example1}
% \newcommand*\Version{Deutsch}
\ifx\Version\Englisch
\usepackage[english]{babel}
\else
\usepackage[ngerman]{babel}
\fi
\newcommand*\ordnername{Folder_Example2}
\begin{document}
\include{\Version/chap01.tex}
\include{\ordnername/chap_01.tex}
\end{document}\end{document}
[1]: http://texwelt.de/wissen/fragen/32