Herzlich willkommen auf der TeXwelt, Tom!
Eigentlich bräuchtest Du hier 3 Layer. Ginge auch. Ich finde das einfachste, die beiden überzeichneten Nodes einfach nochmal zu zeichnen, auf die Schnelle. Und den nur großen gefüllten Kreis in den Hintergrund schicken.
\documentclass{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{positioning,fit,backgrounds}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\node [circle, fill=black, minimum size=2mm, inner sep=0](Punkt) {};
\node [above right=1pt of Punkt, rectangle, inner sep=0](Text) {$f(x)$};
\node [circle, minimum size=2cm, draw, fill=red, fit={(Punkt) (Text)}]
(Kreis) {};
\node [circle, fill=black, minimum size=2mm, inner sep=0](Punkt) {};
\node [above right=1pt of Punkt, rectangle, inner sep=0](Text) {$f(x)$};
\begin{scope}[on background layer]
\node [left=0.2cm of Kreis, circle, minimum size=3cm, draw, fill=blue,
fit={(Kreis)},label={[font=\Large]above:$E$}] {};
\end{scope}
\end{tikzpicture}
\end{document}
![alt text][1]
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/kreise.png
