Bei TeXstudio ist es auch möglich, über "magic comments" die Kompilierung für jedes Dokument einzeln in der Präambel zu beeinflussen. In diesem Fall:
Fall wird folgende Zeile am Anfang des Dokumentes eingefügt:
% !TeX TXS-program:compile = txs:///pdflatex/[--shell-escape]
Bei der ersten Kompilierung fragt TexStudio nach der Erlaubnis für das Ausführen fremder Skripte. Danach wird das Dokument immer mit --shell-escape kompiliert.
Quelle: [http://tex.stackexchange.com/questions/99475/how-to-invoke-latex-with-the-shell-escape-flag-in-texmakerx][1]
[1]: http://tex.stackexchange.com/questions/99475/how-to-invoke-latex-with-the-shell-escape-flag-in-texmakerx