Das kann man besser machen:
    \documentclass{article} 
    \usepackage{booktabs,longtable}
    \usepackage{ragged2e}
    \usepackage{siunitx}
    \begin{document}
    \bgroup%  Hält die nächste Anweisung lokal
    \def\arraystretch{1.7}
    \begin{longtable}{c>{\RaggedRight}p{10cm}c} 
    	\toprule 
    	\textbf{Symbol} & \textbf{Eigenschaften} & \textbf{Einheit}\}\\
    	\midrule 
    	A    & Flächeninhalt       &\si{\square\milli\metre}\\
    	ASME & American Society of Mechanical Engineers               &\\
    	a    & Nahtabmessung                                          &\si{\milli\metre}\\
    	E    & E-Modul
    \end {longtable}
    \egroup
    \end{document}
Wie auch immer, die Meldung "underfull vbox" ist kein Fehler, sondern nur ein Hinweis, der oft ohne Relevanz ist.ist. So wie hier, wo du den Kopf nicht über die `\endfirsthead`, `\endhead`, usw. definierst.  
Vergleiche:
    \begin{longtable}{c>{\RaggedRight}p{10cm}c} \toprule 
    	\textbf{Symbol} & \textbf{Eigenschaften} & \textbf{Einheit}\}\\\midrule 
    \endhead
    	A    & Flächeninhalt       &\si{\square\milli\metre}\\
    [...]