Ein Vergleich der eingebetteten Schriftarten mit dem Kommand `pdffonts <datei>` brachte die selben Font-Namen, allerdings mit unterschiedlicher Font-ID.
Durch die Anregung von @saputello habe ich folgende `tex`-Datei auf beiden Systemen übersetzt:
\documentclass{standalone}
\begin{document}
\begin{tabular}{@{}l@{\,=\,}l@{}}
\verb|\pdfcompresslevel| & \the\pdfcompresslevel \\
\verb|\pdfobjcompresslevel| & \the\pdfobjcompresslevel \\
\verb|\pdfminorversion| & \the\pdfminorversion \\
PDF-Version & 1.\the\pdfminorversion \\
\verb|\pdfpkresolution| & \the\pdfpkresolution \\
\end{tabular}
\end{document}
Das Ergebnis für Windows 7 / MiKTeX:
![Win7/MiKTex][1]
Das Ergebnis für Kubuntu 14.04 / TeX Live:
![Kubuntu/TeXLive][2]
Der Unterschied liegt hier also bei `\pdfobjcompresslevel`.
Im [feature request][3] von MiKTeX wurde bereits gewünscht, dass man die Einstellung für `\pdfobjcompresslevel` zukünftig auch in der Konfigurationsdatei ändern kann.
Übersetzt man die Datei mit MiKTeX mit der Option `\pdfobjcompresslevel=2`, so ist die PDF-Datei ungefähr genauso groß wie mit TeXLive.
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/a_2.jpg
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/b.jpg
[3]: https://sourceforge.net/p/miktex/feature-requests/311/
