Wenn Fußnoten und Gleitumgebungen zusammentreffen, passieren in der Tat bei LaTeX manchmal seltsame Dinge. Das liegt daran, dass beide mit *inserts* arbeiten. Was genau in diesem Fall schief läuft, kaqnn kann ich auch nicht sagen. Beheben kann man es jedenfalls, indem man die Gleitumgebung hinter den Absatz verschiebt:
\documentclass[11pt,a4paper]{scrartcl}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{lmodern}
\author{Author}
\title{Titel}
\date{\today}
\begin{document}
\maketitle
\tableofcontents
\section{Überschrift 1}
Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text.\footnote{Hierher eine Fußnote.} Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text.
\subsection{Unterüberschrift}
Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text.
\begin{itemize}
\item Erster Punkt.
\item Zweiter Punkt.
\end{itemize}
\begin{enumerate}
\item Erstens.
\item Zweitens.
\end{enumerate}
\begin{description}
\item[Eins] Beschreibung1
\item[Zwei] Beschreibung2
\end{description}
Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text.
\begin{table}
\centering
\captionabove{Eine Tabelle}
\label{tab:test}
\begin{tabular}{cc}
Überschrift A & Überschrift B \\[0.2em] \hline \\[-1em]
Text & Text \\
Text & text
\end{tabular}
\end{table}
\section{Überschrift 2}
Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text. Hierher steht ein Text.\footnote{Eine weitere Fußnote}
\end{document}
Dabei ist weniger die Tatsache, dass nun die Gleitumgebung nicht mehr innerhalb eines Absatzes steht, entscheidend, sondern dass die Gleitumgebung nicht genau dann verarbeitet wird, wenn die Fußnote ausgegeben werden sollte.
Ich habe bei dieser Gelegenheit gleich noch den Fehler der Verwendung der `center`-Umgebung innerhalb der Gleitumgebung beseitigt (siehe: [Wie zentriere ich eine Abbildung oder Tabelle richtig?](http://texwelt.de/wissen/fragen/1033/wie-zentriere-ich-eine-abbildung-oder-tabelle-richtig)) und die Tabellenüberschrift wirklich als Überschrift formatiert.
