Ein sehr ähnliches Beispiel gibt es in der Dokumentation, siehe [`visualization depends on`](http://texdoc.net/texmf-dist/doc/latex/pgfplots/pgfplots.pdf#pgfp./pgfplots/visualization%3Adepends%3Aon).
\documentclass{article}
\usepackage{pgfplots}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[enlargelimits=0.2,colorbar]
\addplot[
scatter,mark=square*,only marks,
point meta=\thisrow{myvalue},
visualization depends on=
{\thisrow{myvalue} \as \perpointmarksize},
scatter/@pre marker code/.append style=
{/tikz/mark size=\perpointmarksize}
]
table {
x y myvalue
0.5 1 0.25
0.2 2 3
0.7 3 0.75
0.35 4 0.125
0.65 5 2
};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}
![alt text][1]
---
Wenn das nicht gemeint war, dann kann man leicht einen eigenen Plotmarker definieren. Man muss bei den Größen immer Einheiten mit angeben, ansonsten wird `pt` gewählt.
\documentclass{article}
\usepackage{pgfplots}
\newdimen\pgfplotmarkwidth
\newdimen\pgfplotmarkheight
\def\pgfsetplotmarkwidth#1{\pgfmathsetlength\pgfplotmarkwidth{#1}}
\def\pgfsetplotmarkheight#1{\pgfmathsetlength\pgfplotmarkheight{#1}}
\tikzoption{mark width}{\pgfsetplotmarkwidth{#1}}
\tikzoption{mark height}{\pgfsetplotmarkheight{#1}}
\pgfdeclareplotmark{rectangle}{%
\pgfpathrectangle
{\pgfqpoint{-.5\pgfplotmarkwidth}{-.5\pgfplotmarkheight}}%
{\pgfqpoint{\pgfplotmarkwidth}{\pgfplotmarkheight}}%
\pgfusepathqfillstroke
}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[enlargelimits=0.2,colorbar]
\addplot[
scatter,mark=rectangle,only marks,
mark width=0.1cm,mark height=0.12cm,
point meta=\thisrow{myvalue}
]
table {
x y myvalue
0.5 1 0.25
0.2 2 3
0.7 3 0.75
0.35 4 0.125
0.65 5 2
};
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}
![alt text][2]
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test_211.pnghttp://texwelt.de/wissen/upfiles/test_211.png
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test_212.png