Ein sehr ähnliches Beispiel gibt es in der Dokumentation, siehe [`visualization depends on`](http://texdoc.net/texmf-dist/doc/latex/pgfplots/pgfplots.pdf#pgfp./pgfplots/visualization%3Adepends%3Aon).
    \documentclass{article}
    \usepackage{pgfplots}
    \begin{document}
    
    \begin{tikzpicture}
      \begin{axis}[enlargelimits=0.2,colorbar]
        \addplot[
        scatter,mark=square*,only marks,
        point meta=\thisrow{myvalue},
        visualization depends on=
          {\thisrow{myvalue} \as \perpointmarksize},
        scatter/@pre marker code/.append style=
          {/tikz/mark size=\perpointmarksize}
        ]
        table {
          x    y  myvalue
          0.5  1  0.25
          0.2  2  3
          0.7  3  0.75
          0.35 4  0.125
          0.65 5  2
        };
      \end{axis}
    \end{tikzpicture}
    
    \end{document}
![alt text][1]
---
Wenn das nicht gemeint war, dann kann man leicht einen eigenen Plotmarker definieren.  Man muss bei den Größen immer Einheiten mit angeben, ansonsten wird `pt` gewählt.
    \documentclass{article}
    \usepackage{pgfplots}
    
    \newdimen\pgfplotmarkwidth
    \newdimen\pgfplotmarkheight
    
    \def\pgfsetplotmarkwidth#1{\pgfmathsetlength\pgfplotmarkwidth{#1}}
    \def\pgfsetplotmarkheight#1{\pgfmathsetlength\pgfplotmarkheight{#1}}
    
    \tikzoption{mark width}{\pgfsetplotmarkwidth{#1}}
    \tikzoption{mark height}{\pgfsetplotmarkheight{#1}}
    
    \pgfdeclareplotmark{rectangle}{%
      \pgfpathrectangle
        {\pgfqpoint{-.5\pgfplotmarkwidth}{-.5\pgfplotmarkheight}}%
        {\pgfqpoint{\pgfplotmarkwidth}{\pgfplotmarkheight}}%
      \pgfusepathqfillstroke
    }
    
    \begin{document}
    
    \begin{tikzpicture}
      \begin{axis}[enlargelimits=0.2,colorbar]
        \addplot[
        scatter,mark=rectangle,only marks,
        mark width=0.1cm,mark height=0.12cm,
        point meta=\thisrow{myvalue}
        ]
        table {
          x    y  myvalue
          0.5  1  0.25
          0.2  2  3
          0.7  3  0.75
          0.35 4  0.125
          0.65 5  2
        };
      \end{axis}
    \end{tikzpicture}
    
    \end{document}
![alt text][2]
  [1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test_211.pnghttp://texwelt.de/wissen/upfiles/test_211.png
  [2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/test_212.png