KOMA-Script „respektiert“ den Fettdruck im Fuß, den Du mit dem komafont `pagefoot` einstellst sehr wohl. Es respektiert aber auch den komafont `pagenumber`, das in der Voreinstellung `\normalfont\normalcolor` ist. Wegen des `\normalfont`s und einem Fuß, in dem nur die Seitenzahl steht, siehst Du den Effekt nicht. Hier sieht man es schon:
\documentclass{scrreprt}
\usepackage{scrlayer-scrpage}
\setkomafont{pagehead}{\footnotesize\bfseries}
\setkomafont{pagefoot}{\footnotesize\bfseries}
\rofoot{Seitenstile mit \KOMAScript}
\pagestyle{scrheadings}
\usepackage{mwe}
\begin{document}
\blinddocument
\end{document}\end{document}
Wenn `scrlayer-scrpage` nicht geladen ist, wird der komafont `pagefoot` übrigens überhaupt nicht verwendet. In dem Fall ist dann `pagehead` ein Alias für `pageheadfoot` und wird sowohl für Kopf als auch Fuß verwendet.
