Bei Verwendung von Paket `tocbibind` ist das Verhalten voreingestellt. In der Anleitung zum Paket steht, wie man das ändern kann. Allerdings ist das Paket bei Verwendung einer KOMA-Script-Klasse ausdrücklich nicht empfohlen und eigentlich auch nicht notwendig, da die Klassen mit Optionen wie `listof=totoc`, `index=totoc`, `bibliography=totoc` bereits die Möglichkeit bieten, die gewünschten Verzeichnisse ins Inhaltsverzeichnis einzutragen. Die veralteten Optionen `bibtotocnumbered` und `liststotoc` sollte man hingegen nicht mehr verwenden, da sie gleichzeitig auf möglichst große Kompatibilität zu KOMA-Script 2.9u umschalten und somit viele der Verbesserungen der letzten *zehn* Jahre deaktivieren.
Über die Einstellungen des KOMA-Script-Pakets `tocbasic` gibt es ggf. auch für das Inhaltsverzeichnis die Möglichkeit, dieses wieder ins Inhaltsverzeichnis aufzunehmen. Dies sei der Vollständigkeit halber unabhängig davon erwähnt, dass dies weder erwünscht noch wünschenswert ist.
Siehe auch: [Wie kann ich Verzeichnisse im Inhalt aufführen?](http://texwelt.de/wissen/fragen/4035/wie-kann-ich-verzeichnisse-im-inhalt-auffuhren)
Übrigens betrachte ich auch die Verwendung von Paket `sectsty` zusammen mit einer KOMA-Script-Klasse als eher kritisch. Dass man die Schriftgröße der Überschriften bei KOMA-Script-Klassen auch ohne dieses Paket leicht ändern kann, hast Du ja bereits herausgefunden. Also würde ich empfehlen, auf das Paket möglichst ganz zu verzichten.
\documentclass[dvipsnames,bibliography=totoc,listof=totoc,12pt]{scrartcl}
\setkomafont{section}{\fontsize{16}{15}\selectfont}
\addtokomafont{paragraph}{\mdseries}
\usepackage[T1]{fontenc}% Font-Codierung (also eher Ausgabecodierung als Eingabecodierung)
\usepackage[utf8]{inputenc} % für den Online-Editor und die meisten, modernen LaTeX-Editoren
\usepackage[english]{babel}
%%%%% Zeilenabstand
\usepackage{setspace}
\setstretch{2}% sehr, sehr hässliche und typografisch ungünstige Einstellung
%%%%% Zeitstrahl
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{shapes.multipart}
%%%%% Seitenränder und Ausrichtung
\usepackage[paper=a4paper,left=40mm,right=25mm,top=25mm,bottom=25mm]{geometry} %define very ugly margins
%%%%% Dokumentfonts
\usepackage{lmodern}% Latin Modern
%%%%% Überschriften
\setkomafont{disposition}{\rmfamily\bfseries\boldmath}% Überschriften Roman, fett (auch Mathe)
\pagestyle{headings} % Kolumnentitel im Kopf der Seite
%\usepackage{tocbibind}% Das war der Übeltäter!
\usepackage{listings}
\usepackage{scrhack}% auch listings von tocbasic behandeln lassen
\usepackage{mwe}% für Minimalbeispiele sehr nützlich, sonst eher sinnlos
\usepackage{hyperref} % Paket für Hyperlinks i. d. R. als letztes Paket laden.
\begin{document}
\pagenumbering{roman}% Bei Artikeldokumenten macht man das nicht!
\begin{titlepage}
blabla
\end{titlepage}
\tableofcontents %fügt ein Inhaltsverzeichnis ein
\cleardoublepage\pagenumbering{arabic}% \cleardoubleoddpage\pagenumbering{arabic}% Wegen dem nicht empfehlenswerten \pagenumbering{roman} oben.
\Blinddocument
\end{document}
Ich habe nebenbei gleich noch den "`option clash`"-Fehler beseitigt. Alle Pakete, die für das Problem gänzlich unerheblich sind und die ich auch nicht benötigt habe, um Lösungen für andere Probleme und meiner Meinung nach sinnvolle Änderungen zu zeigen, habe ich weggelassen.
Sollte der Code aus einer Vorlage stammen, sei ausdrücklich auch wieder auf »[Minimale Vorlage vs. maximale Probleme](http://www.komascript.de/latexvorlage)« hingewiesen.
