Am einfachsten funktioniert das, wenn man `\footnote` verwendet:
\documentclass{scrartcl}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{amsmath}
\usepackage[amsmath]{ntheorem}
\newtheorem*{proof}{Beweis}
\usepackage{hyperref}
\begin{document}
\begin{proof}
Das ist ein Text\footnote{erste Fußnote} der keinen Sinn\footnote{zweite Fußtnote}.
\end{proof}
\end{document}
Option `pdftex` sollte man übrigens bei allen Paketen weglassen. Die Pakete können PDFTeX selbst sehr gut erkennen, andererseits stört die Option, wenn man eben nicht PDFTeX verwendet. Also hat sie keinen Nutzen und im Zweifelsfall schadet sie erst. Damit man die Links auch sieht, was in einem Minimalbeispiel, bei dem es um die Links geht, sicher kein Schaden ist, habe ich außerdem Option `hidelinks` weggelassen. Die restlichen Optionen sind für das Beispiel unerheblich und wurden deshalb ebenfalls entfernt.
Bezüglich der Verlinkung von Fußnoten gibt es in der `hyperref`-Anleitung übrigens den dezenten Hinweis: »*Easily broken*«. Der Autor glaubt also offenbar selbst nicht, dass das immer funktioniert. Außerdem ist es gänzlich unabhängig von `ntheorem` oder der `proof`-Umgebung, der Klasse oder der Eingabecodierung:
\documentclass{article}
\usepackage{hyperref}
\begin{document}
Das ist ein Text\footnotemark der keinen Sinn\footnotemark ergibt.
\addtocounter{footnote}{-1}%
\footnotetext{erste}%
\stepcounter{footnote}%
\footnotetext{zweite}%
\end{document}
Das Problem dabei ist, dass `hyperref` nicht nur einen eigenen Zähler `Hfootnote` verwendet. Es speichert außerdem bei jeden `\footnotemark` nur genau die daraus entstehende Referenz `\Hy@footnote@currentHref`, die dann beim nächsten Aufruf von `\footnotetext` verwendet wird. Hat man nun mehrere `\footnotemark` hintereinander, so wird `\Hy@footnote@currentHref` immer wieder überschrieben. Dadurch wird dann bei `\footnotetext` mehrfach derselbe Anker gesetzt. Das gibt zum einen eine Meldung wegen der mehrfachen Anker zum anderen referenzieren vom letzten Aufruf abgesehen alle `\footnotemark` der Sequenz einen Anker, der nie gesetzt wurde.
Das Problem außerhalb von `hyperref` zu lösen dürfte mit einigem Aufwand verbunden sein und würde sich darüber hinaus auf einigen internen Code von `hyperref` stützen. Eine wirkliche Lösung kann daher eigentlich nur als Teil oder als offizielle Ergänzung von `hyperref` geschaffen werden. Beispielsweise könnte man in `hyperref` mehrere `\Hy@footnote<Nr>@currentHref` definieren, wobei `<Nr>` beispielsweise von `Hfootnote` abgeleitet sein könnte. Auch eine Listen-Lösung wäre denkbar. Diese könnte eventuell auch das Problem mit dem optionalen Argument von `\footnotemark` lösen, das `hyperref` derzeit laut README nicht unterstützt. Für den Text wäre dann vermutlich ein Befehl ohne optionales Argument sinnvoll, der den nächsten Fußnotentext setzt, also etwas wie `\nextfootnotetext`. Der würde dann nicht vom aktuellen Zähler `footnote`, sondern von der aktuell via `\footnotemark` gespeicherten Liste ausgehen. Das wäre gleichzeitig eine deutliche Erweiterung des `\footnotemark`/`\footnotetext`-Mechanismus und würde bei Verwendung diverser Pakete/Klassen vermutlich Probleme bereiten. Ich habe wenig Hoffnung, dass es so etwas bald geben wird. Aber vielleicht fällt dem `hyperref`-Autor auf entsprechende Nachfrage ja eine einfachere Lösung ein.
Zusammenfassung: `hyperref` unterstützt derzeit nur direkte Abfolgen von `\footnotemark` und `\footnotetext` aber keine Sequenzen von `\footnotemark` gefolgt von Sequenzen von `\footnotetext`.`\footnotetext`.
---
Mit den Standardklassen oder den KOMA-Script-Klassen scheint folgendes zu funktionieren:
\documentclass{scrartcl}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{hyperref}
\begin{filecontents*}{nextfootnote.sty}
% nextfootnote.sty
% Copyright (c) Ijon Tichy, 2017
%
% This work may be distributed and/or modified under the
% conditions of the LaTeX Project Public License, either version 1.3
% of this license or (at your option) any later version.
% The latest version of this license is in
% http://www.latex-project.org/lppl.txt
% and version 1.3 or later is part of all distributions of LaTeX
% version 2005/12/01 or later.
%
% This work has the LPPL maintenance status `maintained'.
%
% The Current Maintainer of this work is Ijon Tichy.
%
% This work consists of the file nextfootnote.sty only.
% This work is a result of <http://texwelt.de/wissen/fragen/19464>.
% For support see there.
% Please do not remove the link above!
\ProvidesPackage{nextfootnote}[2017/01/26 v0.1 print next footnote mark]
\ProcessOptions\relax
% Some definitions for the case hyperref is not used.
\providecommand*{\Hy@footnote@currentHref}{}
\providecommand*{\theHfootnote}{}
% The list of current footnote marks
\newcommand*{\@hfootnotelist}{}
% Print the next footnote mark (like \footnotemark without optional agument)
\newcommand*{\nextfootnotemark}{%
\footnotemark
\@cons\@hfootnotelist{{\arabic{footnote}}{\theHfootnote}{\Hy@footnote@currentHref}}%
}
% Setup the footnote text for the first footnote in the list of current
% footnote marks (like \footnotetext without optional argument)
\newcommand*{\nextfootnotetext}[1]{%
\ifx\@hfootnotelist\@empty
\else
\begingroup
\def\@elt ##1##2##3\@elt##4\@nnil{%
\gdef\@hfootnotelist{##4}%
\let\@elt\relax
\if\relax\detokenize{##4}\relax
\global\let\@hfootnotelist\@empty
\else
\gdef\@hfootnotelist{\@elt##4}%
\fi
\setcounter{footnote}{##1}%
\def\Hy@footnote@currentHref{##3}%
}%
\@hfootnotelist\@elt\@nnil
\footnotetext{#1}%
\endgroup
\fi
}
\endinput
\end{filecontents*}
\usepackage{nextfootnote}
\begin{document}
Das Paket \texttt{nextfootnote} stellt die Befehle \verb|\nextfootnotemark|
und \verb|\nextfootnotetext| bereit. Diese arbeiten generell wie
\verb|\footnotemark| und \verb|\footnotetext| mit drei gravierenden
Unterschieden: Die Befehle erlauben kein optionales Argument und bei Abfolgen
mehrere \verb|\nextfootnotemark|, gefolgt von mehreren
\verb|\nextfootnotetext{...}| entsprechen die Nummern der Fußnoten ohne
weiteres Zutun den Nummern der Fußnotenmarkierungen und die Verlinkung
funktioniert bei Verwendung von \texttt{hyperref} einwandfrei.
\paragraph*{Beispiel:}
\begin{quote}
\begin{verbatim}
Erste Fußnote\nextfootnotemark, zweite Fußnote\nextfootnotemark.
\nextfootnotetext{erste Fußnote}
\nextfootnotetext{zweite Fußnote}
\end{verbatim}
\end{quote}
Erzeugt als Text:
\begin{quotation}
Erste Fußnote\nextfootnotemark, zweite Fußnote\nextfootnotemark.
\nextfootnotetext{erste Fußnote}
\nextfootnotetext{zweite Fußnote}
\end{quotation}
Die zugehören Fußnoten finden sich am Ende dieser Seite.
\end{document}
