Dein MWE einschließlich der verlinkten Daten erzeugt leider nicht das in der Frage eingefügte Bild. Ich nutze deshalb etwas andere Werte. Und ich lasse auch die für das Problem nicht benötigten Pakete weg.
Bei Verwendung der Option `split` werden alle Segmente, für die keine speziellen Einstellungen vorgenommen wurden, mit der aktuellen Plotfarbe gefüllt. Diese Plotfarbe gibst Du im optionalen Argument von `\addplot` mit `green` vor. Wenn Du keine automatische Füllung der Segmente möchtest, dann ändere das zu `fill=none`.
\begin{filecontents*}{mwe.txt}
1 734
101 729
201 724
301 719
401 714
501 709
601 704
701 699
801 694
901 689
1001 684
1101 679
1201 674
1301 669
1401 664
1501 659
1601 654
1701 649
1801 644
\end{filecontents*}
\documentclass[margin=5pt]{standalone}
\usepackage{pgfplots}% lädt auch tikz
\pgfplotsset{compat=newest}
\usetikzlibrary{patterns}
\usepgfplotslibrary{fillbetween}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[
xmin=0,
ymin=600,
xmax=1800,
scaled y ticks=base 10:-3,
]
\addplot[mark = none, name path=A] table from {mwe.txt};
\draw[black, name path=B] (0,699) -- (2000,699);
\addplot
[fill=none]% <- damit nicht alle Segmente automatisch gefüllt werden
fill between[
of=A and B,
split,
every segment no 0/.style=
{pattern color=gray!50,
pattern=north east lines}
];
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}
![alt text][1]
----------
Vielleicht suchst Du aber eher etwas wie
![alt text][2]
\begin{filecontents*}{mwe.txt}
1 734
101 729
201 724
301 719
401 714
501 709
601 704
701 699
801 694
901 689
1001 684
1101 679
1201 674
1301 669
1401 664
1501 659
1601 654
1701 649
1801 644
\end{filecontents*}
\documentclass[margin=5pt]{standalone}
\usepackage{pgfplots}% lädt auch tikz
\pgfplotsset{compat=newest}
\usetikzlibrary{patterns}
\usepgfplotslibrary{fillbetween}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[
xmin=0,
ymin=600,
xmax=1800,
scaled y ticks=base 10:-3,
]
\addplot[mark = none, name path=A] table from {mwe.txt};
\path[name path=B] (0,699) -- (2000,699);
\draw[green,name intersections={of= A and B,by={S}},name path=C](S-|0,0)--(S);
\addplot
[pattern color=gray!50,pattern=north east lines]
fill between[of=A and C];
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_fillbetweensegmente.pnghttp://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_fillbetweensegmente.png
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/tw_fillbetweenpattern.png