Das folgende ist bestimmt nicht die eleganteste Lösung.
Setzt man die Formel zwischen `\schemestart` und `\schemestop`, dann wird jede Komponente zwischen verschiedenen `\arrow`-Aufrufen in eine TikZ-Node gesetzt. Diese werden in der Voreinstellung mit `c1`, `c2` usw. durchgezählt. (Anzeigen lassen kann man sich das mit `\schemedebug{true}`.) Das nütze ich aus, um mit `\chemmove` (einem Wrapper um ein `tikzpicture` mit den Optionen `remember picture, overlay`) einen Bogen mit der `arc`-Operation zu zeichnen.
Außerdem benutze ich aus reiner Bequemlichkeit [`chemmacros`][1], das einige IUPAC-Befehle zur Verfügung stellt, unter anderem `\S`, das innerhalb von `\iupac{}` die S-Konfiguration bedeutet.
Das folgende muss zweimal kompiliert werden:
\documentclass{article}
\usepackage{chemfig}
\usepackage{chemmacros}% für den \iupac-Befehl
\newcommand*\CIP[1]{{\color{blue}#1}}
\begin{document}
\schemestart
\chemname{%
\chemfig{
\CIP{3}-[:90,.5,,,draw=none]H_3C
-[:30]C
(-[:90]CH_2(-[:90,.5,,,draw=none]\CIP{2})-[:150]H_3C)
(<:[:-10]H-[::0,.5,,,draw=none]\CIP{4})
<[:-60]OH-[:-90,.5,,,draw=none]\CIP{1}}
}{\iupac{\S-2-Butanol}}
\arrow{0}
\chemname{%
\hflipnext\chemfig{
\CIP{3}-[:90,.5,,,draw=none]H_3C
-[:30]C
(-[:90]CH_2(-[:90,.5,,,draw=none]\CIP{2})-[:150]H_3C)
(<:[:-10]H-[::0,.5,,,draw=none]\CIP{4})
<[:-60]OH-[:-90,.5,,,draw=none]\CIP{1}}
}{\iupac{\R-2-Butanol}}
\schemestop
\chemmove{
\draw[->]
(c1.east)++(0:.5cm) arc [radius=2.5cm,delta angle=210, start angle=0] ;
\draw[->]
(c2.west)++(0:-.5cm) arc [radius=2.5cm,delta angle=-210, start angle=180] ;
}
\end{document}
![alt text][2]
TikZ-Meister mögen das als Ausgangspunkt für elegantere Lösungen verwenden...
[1]: http://www.ctan.org/pkg/chemmacros
[2]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/cip.pnghttp://texwelt.de/wissen/upfiles/cip_1.png
