Das Problem bei dieser Verschachtelung liegt darin, dass die innere `tikzpicture`-Umgebung und dadurch auch der innere Node die äußeren Optionen erben. In diesem Fall wird `right=of 1` vererbt.
Das sieht man, wenn man diese Option innen überschreibt. Wenn z.B. line.tex so aussieht
\begin{tikzpicture}[point/.style={circle,inner sep=0pt,minimum size=5pt,fill=black},right=0pt]
\draw (0,0) -- (0,4);
\node [point,label=left:$A$,right=-2.5pt] (A) at (0,2) {};
\end{tikzpicture}
dann wird die `right`-Option innen in jedem Fall überschrieben und die Teilbilder sehen gleich aus.
![Ausgabe der Linien und Nodes][1]
Eine Lösung ist das Packen des inneren Bildes in eine Box, die später mehrfach verwendet wird, ohne Neuberechnung mit Berücksichtung geerbter Optionen. Mit dem \tikzBox-Makro `\tikzBox`-Makro aus der verlinkten Antwort von Qrrbrbirlbel kann es so aussehen:
\documentclass{article}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary[positioning]
\newbox\mybox
\newcommand{\tikzBox}[2][\mybox]{%
\sbox#1{\pgfinterruptpicture#2\endpgfinterruptpicture}}
\begin{document}
\tikzBox{\input{line}}
\begin{tikzpicture}
\node (1) {\usebox{\mybox}};
\node (2)[right=of 1]{\usebox{\mybox}};
\end{tikzpicture}
\end{document}
Statt mehrfach `\input` zu verwenden, wird stattdessen das zunächst einmal in die Box eingelesen und in Folge jeweils `\usebox` benutzt.
Was, wenn man mehrere solcher Teilbilder hat? Wenn sie nicht gemischt verwendet werden, sondern nacheinander, kann man die Box ja mit dem nächsten Teilbild belegen und mehrfach verwenden. Ansonsten kann man verschiedene Boxen mit jeweils verschiedenem Namen verwenden. Ggf. könnte man hierfür das Makro `\tikzBox` um ein Argument erweitern, das den Boxnamen festlegt, so dass jeweils eine Box dieses Namens mit dem übergebenen Inhalt erzeugt wird.
[1]: http://texwelt.de/wissen/upfiles/linien-nodes.png
