Die apa6-Klasse redefiniert innerhalb von `\appendix` das `\section`-Makro. Man kann das umschreiben oder mit `etoolbox` patchen, oder wie folgt das Setzen des Labelnamens anfügen:
\makeatletter
\g@addto@macro{\appendix}{%
\let\apasection\section
\long\def\section#1{\apasection#1\def\@currentlabelname{#1}}
\long\def\section#1{\apasection{#1}\def\@currentlabelname{#1}}
}
\makeatother
Kopiere diesen Code in die Präambel Deines Dokuments, und Du hast wieder den section-Namen beim Referenzieren.