Es wäre natürlich schon sinnvoll, wenn das Beispiel in der Frage auch das Problem zeigen würde, also zumindest einen Eintrag im Abbildungsverzeichnis hätte …
\documentclass[a4paper,11pt,% beide optionen sind voreinstellung, können also weg
captions=tableheading,listof=totoc,index=totoc,bibliography=totoc]{scrreprt}
\usepackage[left= 3cm,right = 2cm, bottom = 4 cm]{geometry}
\usepackage[utf8]{inputenc}% seit LaTeX 2018-04-01 überflüssig; kann normalerweise weg
\usepackage[ngerman]{babel}% er wird empfohlen, die hauptsprache bereits bei \documentclass anzugeben, damit andere Pakete sie ggf. ebenfalls mitbekommen
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{graphicx, subfig}% da du paket caption verwendest, empfehle ich subcaption statt subfig
\graphicspath{{img/}}% für ein vollständiges minimalbeispiel eher ungünstig
\usepackage{fancyhdr}% ACHTUNG: sollte nicht mit einer koma-script-klasse verwendet werden, siehe auch die warnung in der log-datei
\usepackage{lmodern}
\usepackage{color}% ich empfehle stattdessen direkt xcolor
\usepackage{subfig}% ACHTUNG: es ist ungünstig pakete mehrfach zu laden, auch wenn es (derzeit) kein fehler ist
\usepackage{tabularx}
%\usepackage{caption}
%\captionsetup[figure]{labelfont=bf,textfont=it}
%\captionsetup[table]{labelfont=bf,textfont=it}
% die drei vorherigen zeilen könnte man übrigens auch ersetzen durch:
%\setkomafont{captionlabel}{\upshape\bfseries}% oder ohne \upshape, wenn das label auch kursiv sein soll
%\setkomafont{caption}{\itshape}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{longtable}% hinweis: will man sowohl tabularx als auch longtable is xltabular empfehlenswert
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{textcomp}% seit LaTeX 2018-10-01 ünerflüssig; kann normalerweise weg
\DeclareTOCStyleEntries[entryformat=\textit]{default}{figure,table}
\DeclareTOCStyleEntries[entryformat=\textit]{default}{figure,table}% zu weiteren möglichkeiten der anweisung siehe die koma-script-anleitungen oder das buch
\begin{document}
\tableofcontents
\listoffigures
\listoftables
\chapter{Test}
\captionof{figure}{Testabbildung}
\captionof{table}{Testtabelle}
\end{document}
Aber wie bereits erwähnt: Man gewinnt nichts dadurch, dass man alle Einträge eines Verzeichnisses gleichermaßen hervorhebt. Da kursive Schrift für einige — beispielsweise für mich — außerdem schlechter zu lesen ist, wird das Dokument dadurch in meinen Augen eher schlechter als besser. Ich empfehle außerdem, meine Quellcode-Kommentare sorgfältig zu beachten.
