Wenn man kein LuaLaTeX nutzen kann, gibt es keinen anderen Weg als ein externes Programm laufen zu lassen, welches alle Ligaturen aufbricht: Auflage => Auf"|lage
Dies geht beispielsweise mit DeLig.jar, welches auf [CTAN][1] zur Verfügung steht. Man erzeugt dann einfach eine neue Datei, die die aufgebrochenden Ligaturen enthält:
java -jar ~/bin/DeLig.jar ~/Test/USER/Horner/test.tex testnoL.tex
`testnoL.tex` hat dann keine Ligaturen mehr. `DeLig` baut auf `rmlig` `rmligs` auf, welches man ebenfalls benutzen könnte. Der Vorteil von beiden ist, dass man _keine_ falschen Ergebnisse erhalten kann.
[1]: http://www.ctan.org/pkg/delig