Beim ersten Aufruf von biber entpackt sich das Programm in das in der Fehlermeldung beschriebene temporäre Verzeichnis. Der Ort ist abhängig vom Betriebssystem, folgt aber einem Schema (`par-<kodierterNutzername>/cache*`).
Wird eine neue Version von biber installiert, kommt es zum Clash. Das passiert übrigens auch, wenn der erste Programmaufruf (das Entpacken) unterbrochen wurde und die binären Dateien unvollständig sind.
Ganz einfach lässt sich das Problem durch Löschen des Ordners beheben. Der nächste Aufruf von biber erzeugt erneut alle benötigten Dateien. Den Ort des Ordners erfährt man in der Fehlermeldung, damit steht dieser auch in der blg-Datei ([Wo finde ich Hilfsdateien?](http://texwelt.de/wissen/fragen/2530/was-sind-hilfsdateien-und-wo-finde-ich-diese)).
Mit einem einfachen Aufruf im Terminal lässt sich der Ort auch ausmachen:
$ biber --cache
/tmp/par-626f65747463686a/cache-043f33e2da9fe7a341404b223dc1caa7d8589118
und schließlich wird gelöscht:
$ sudo rm -r /tmp/par-626f65747463686a/
Noch schneller geht natürlich
$ sudo rm -r `biber --cache`
Natürlich funktioniert das Löschen auch außerhalb des Terminals mit Hilfe des Filemanagers der Wahl (Explorer, Nautilus, Thunar, Finder, ...).