du kannst doch nicht gnadenlos global alle Boxen überschreiben. Mit `\box` löscht du ja wenigstens den Inhalt, mit `\copy` aber nicht, so dass die von TeX selbst genutzen Boxen hinüber sind.
\begingroup% lokal halten, damit keine existierenden überschrieben werden
\TeX- Code \vskip0.5\baselineskip
\count0=0
\loop\ifnum\the\count0<255\relax
\expandafter\setbox\the\count0=\hbox{box \the\count0}
\expandafter\copy\the\count0 \vskip0.1\baselineskip
\advance\count0 by 1 \relax \repeat
\endgroup
\bye
Dein Code mit Ausgabe von `\box11`:
\documentclass{article}
\begin{document}
\TeX- Code \vskip0.5\baselineskip%
\newcount\myregister
\myregister=0
\begingroup
\loop\ifnum\the\myregister<255
\ifvoid\the\myregister
\expandafter\setbox\the\myregister=\hbox{box\the\myregister}\fi
\expandafter\box\the\myregister \vskip0.5\baselineskip
\advance\myregister by 1 \repeat
\myregister=0
\loop\ifnum\the\myregister<254
\ifvoid\the\myregister
\expandafter\setbox\the\myregister=\hbox{copy\the\myregister}\fi
\expandafter\copy\the\myregister \vskip0.5\baselineskip
\advance\myregister by 1 \repeat
\endgroup
\end{document}
Wenn du schon reinen TeX-Code hast, dann pack das nicht in eine LaTeX-Umgebung.