Wenn man die Option `shell-escape` bzw. `enable-write18` für seine TeX-Installation aktiviert hat, könnte man vor `\usepackage` aufrufen:
\immediate\write18{wget http://biocoen.org/mbenotes.sty}
Dann wird das Paket durch den Aufruf des externen Programms wget heruntergeladen. Mann kann auch Optionen übergeben, beispielsweise für Überschreiben einer bereits vorhandenen Datei.
Ausserdem: [Wie man write18 aktiviert][1]
[1]: http://wiki.contextgarden.net/Write18
Nachtrag:
(ctansearch)Man Nachtrag @ctansearch: Man kann die Dateien auch bedingt herunterladen
\IfFileExists{path/datei.ext}{}%Wenn Datei vorhanden, tu nix
{\immediate\write18{wget http://path/datei.ext}}%sonst lade herunter
(Bes)Man kann bei `wget` übrigens auch per Option steuern, was geschehen soll, wenn die Datei bereits existiert, etwa per
\immediate\write18{wget -nc http://biocoen.org/mbenotes.sty}
die Datei nur herunterladen, wenn sie noch nicht existiert. Näheres erklärt die Anleitung zu `wget`.